Latvijas neatkarības atjaunošanas laikā Alksnis aktīvi cīnījās par Padomju Savienības saglabāšanu. 1989. gadā ievēlēts par PSRS tautas deputātu, kur bija viens no deputātu grupas “Sojuz” izveidotājiem un aktīvākajiem dalībniekiem. 1990. gadā ievēlēts LPSR Augstākajā Padomē, kur nebalsoja par Neatkarības deklarāciju. Atbalstīja 1991. gada augusta puču PSRS, kad mēģināja gāzt pēdējo PSRS prezidentu Mihailu Gorbačovu. Politiskie oponenti Alksni šai laikā dēvēja par “Melno pulkvedi”. Pēc augusta puča izgāšanās Latvijas Republikas Augstākā padome 1991. gada 29. augustā pieņēma lēmumu “Par tautas deputātu — militārpersonu statusu”, kurā prasīja deputātiem — militārpersonām Alksnim, Jagupecam un Rjabiņinam iesniegt juridiski apstiprinātu ziņojumu PSRS aizsardzības ministram par atvaļināšanu rezervē. Tā kā viņi to nedarīja, tad AP 1991. gada 2. oktobrī anulēja viņiem deputāta mandātu.
