Det var under ett framträdande med gruppen DNA på lördagsnatten som branden utbröt på diskoteket Pulse i staden Kocani, skriver lokala medier.
Totalt ska minst 1 500 personer ha befunnit sig i lokalen. Av dem har nu minst 50 hittats döda, bekräftar landets inrikesdepartement för nyhetsbyrån Mia. Uppgifter om antalet skadade varierar, enligt nyhetsbyrån Makfax handlar det om över 100 personer.
Kocani är en mindre stad i landets östra delar. Landets inrikesminister Pance Toshkovski är nu på plats vid nattklubben och premiärminister Hristijan Mickoski är på väg dit, skriver nyhetssajten Vecer.
Pyroteknik under konserten kan ha startat branden, enligt medieuppgifter. Orsaken har ännu inte bekräftats av myndigheter.
Arrangörerna bakom konserten har gripits. Enligt uppgifter i lokala medier har även diskotekets ägare gripits.