Meyers fikk sparken torsdag, opplyser Space Operations Command i en pressemelding.
Begrunnelsen er manglende tillit til hennes evne til å lede.
Ledere ventes å følge de høyeste standarder spesielt når det gjelder upartiskhet i tjenesten, heter det i uttalelsen.
Handlinger som undergraver kommandolinjer eller president Trumps agenda vil ikke bli tolerert, sier talsperson Sean Parnell i det amerikanske forsvarsdepartementet ifølge New York Times.
Meyer er erstattet av oberst Shawn Lee.
Pituffik Space Base ligger nordvest på Grønland og het tidligere Thule Air Base.