Origine du SARS-CoV-2 : le jeu de piste continue

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  1. Accusations de mauvaise foi, de manipulation ou de conflits d’intérêts : trois ans et 17,8 millions de morts après le départ de l’épidémie de Covid-19 dans la ville de Wuhan, en Chine, le débat sur les origines du virus SARS-CoV-2 tourne à l’aigre, y compris dans la communauté académique. Sur les réseaux sociaux, où une part de la discussion se tient publiquement, hors du cadre des revues savantes, de distingués professeurs et directeurs de recherche s’empoignent avec d’autant moins de ménagement qu’aucun consensus ne s’est, jusqu’à présent, imposé.

    « Débordement zoonotique » naturel apparu sur le marché de Huanan, à Wuhan, par le biais d’animaux contaminés ? Accident de laboratoire – avec ou sans manipulation préalable –, survenu précisément dans une ville qui concentre des recherches parfois risquées sur les coronavirus de chauves-souris, financées en partie avec des fonds américains ? Loin d’être tranchée, la controverse a en outre pour toile de fond une forte polarisation (géo)politique, Donald Trump s’étant fait, dès le départ, le champion de la thèse de la fuite de laboratoire du « virus chinois ».

    La probabilité que Pékin œuvre à la résolution de l’énigme est faible. En Chine, la position officielle exclut l’une et l’autre des deux hypothèses qui l’incriminent pour leur préférer celle – politiquement commode, mais hautement improbable – d’une origine étrangère de la maladie, importée en Chine par le biais d’aliments surgelés. Retour sur quelques points d’achoppement de trois années de débats acharnés.

    Pour certains, c’était presque la fin de la controverse : deux études internationales, publiées fin juillet 2022 dans la revue Science, ont été accueillies par une partie de la communauté savante comme des éléments de preuve majeurs et complémentaires en faveur d’une origine zoonotique du SARS-CoV-2, avec le marché de Huanan, à Wuhan, comme point de départ de l’épidémie. La première a notamment consisté à dater et à localiser les 155 premiers cas de Covid-19 répertoriés dans la ville de Wuhan, tous identifiés dans le courant du mois de décembre 2019. Elle conclut à une répartition globalement centrée sur le fameux marché. Ce n’est pas tout : les premiers cas humains répertoriés dans son enceinte se situent dans l’aile ouest, où se trouvaient aussi des animaux vivants.

    La seconde étude enfonce le clou. A partir des données de séquençage disponibles, elle indique que deux lignées virales distinctes, baptisées « A » et « B », ont circulé de manière précoce, suggérant le scénario de deux franchissements successifs de la barrière d’espèce, à partir d’un même réservoir animal. « A mon avis, il est désormais établi que le SARS-CoV-2 trouve son origine dans le commerce d’animaux sauvages », commente Robert Garry (université Tulane, La Nouvelle-Orléans, Etats-Unis), coauteur des deux études. Pour la biologiste Florence Débarre (Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris, CNRS), qui n’a pas participé à ces travaux, « ce scénario est, à l’heure actuelle, le plus plausible ».

    « Il y a d’énormes lacunes dans les données, car il y avait bien plus de cas de Covid à Wuhan à cette période, dont la localisation n’a pu être prise en compte » Simon Wain-Hobson (Institut Pasteur)
    Bon nombre de chercheurs interrogés par Le Monde considèrent toutefois que ces travaux sont peu concluants et soumis à une variété de biais. « Il y a d’énormes lacunes dans les données, car on sait qu’il y avait bien plus de cas de Covid à Wuhan à cette période, dont la localisation n’a pu être prise en compte dans ces travaux », dit le virologue Simon Wain-Hobson (Institut Pasteur). Son collègue, le virologue Marc Eloit, formule la même objection. « Ce que semblent montrer ces deux études est que le marché a joué un rôle dans l’épidémie, mais nulle part il n’est montré que le réservoir viral à partir duquel le SARS-CoV-2 s’est propagé était effectivement un réservoir animal », dit-il.

    Dans une autre analyse des premiers cas répertoriés sur le marché de Huanan, publiée en novembre dans la revue Environmental Research, la biologiste Virginie Courtier-Orgogozo (Institut Jacques-Monod, CNRS) soutient un scénario dans lequel les transmissions s’y sont plus probablement opérées entre humains, dans des lieux clos du marché, comme les salles de jeu de mah-jong, les toilettes ou les cantines, plutôt qu’à partir d’animaux infectés. « Les premiers cas dans l’enceinte du marché ont été répertoriés sur des étals qui sont distants de plusieurs dizaines de mètres et parfois séparés par des murs, dit Mme Courtier-Orgogozo. Les données épidémiologiques sur ces premiers cas sont cohérentes, avec une introduction unique sur le marché, compatible avec une origine animale, mais tout autant avec un vendeur qui aurait été infecté en dehors du marché. » Une équipe chinoise avance aussi, dans un preprint, l’hypothèse selon laquelle le marché n’aurait eu qu’un rôle d’amplificateur.

    D’autant que, jusqu’à présent, aucun échantillon environnemental prélevé sur les lieux et positif au SARS-CoV-2 n’a été attribué à un animal. Absence de preuves qui n’est cependant pas une preuve d’absence : si de tels échantillons existent, ils ont pu ne pas être publiés, ou n’avoir pas été analysés.

  2. > Pour le savoir, Marc Eloit et ses collègues ont cultivé l’un de leurs coronavirus – Banal-236 – et ont simulé sa circulation dans une population humaine, notamment sur des singes macaques et des souris « humanisées » –, dont les cellules disposent de la même porte d’entrée que celles des humains. Résultat ? Au laboratoire, les six passages successifs de Banal-236 dans les souris humanisées n’ont pas permis l’acquisition du fameux site furine

    Après ça reste un process aléatoire. Faudrait évaluer la probabilité que ce type de mutation apparaisse pour savoir dans quelle mesure on peut reproduire l’expérience , j’imagine que c’est très complexe à faire.

  3. Sur ce sujet on ne peut que conseiller l’écoute de ce podcast de Juin 2022 d’un épidémiologiste bien connu, notamment pour avoir démontré contre la podition initiale de l’Oms l’origine asiatique du choléra en Haiti, l’excellent Renaud Piarroux : https://www.radiofrance.fr/franceculture/podcasts/serie-mecaniques-des-epidemies-saison-4-la-covid

    Toutes les “saisons” sont excellentes que ce soit sur la variole ou le palu. Comme pour le choléra, on ne peut pas s’empêcher de noter qu’on nous vend depuis le début du Covid une thèse environnementaliste que pas grand chose ne soutient.

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