Ensuite, les organes internes étaient retirés par incision, communément faite à gauche de l’abdomen. Mais le coeur, considéré comme un écrin de sagesse, était délibérément laissé. Les chapitres 27, 28 et 29 de la collection des livres mortuaires connus sous le nom de Livre des Morts, soulignaient l’importance de conserver cet organe.
La déshydratation du cadavre était essentielle à l’embaumement. Pour cela, les embaumeurs utilisaient du natron, un carbonate de sodium décahydraté souvent trouvé près des lacs salés. Ils plongeaient le corps dans cette mixture pendant environ 40 jours. Les cavités du corps se remplissaient de la dite substance et le cadavre s’asséchait naturellement. Au cours d’une expérimentation réalisée en 1994, l’égyptologue Bob Brier et le Dr. Ronald Wade ont découvert qu’au moins 265 kilogrammes de natron étaient nécessaire à la déshydratation d’un corps.
La chair était ensuite ointe de plusieurs huiles et de résine liquide. Cette technique repoussait les insectes et masquait l’odeur de la décomposition. L’historien grec Diodore de Sicile s’est rendu en Égypte au premier siècle avant Jésus-Christ et a observé le processus de momification. « Ils recouvraient précautionneusement le corps entier pendant plus de 30 jours, d’abord avec des plants de cèdre et d’autres préparations, ensuite avec de la myrrhe, de la cannelle et des épices qui non seulement préservaient le corps plus longtemps mais donnaient aussi au corps un parfum plus agréable. »