Die Bauarbeiten überschneiden sich mit Maßnahmen auf der S-Bahn-Stammstrecke. Dadurch kommt es zu Einschränkungen im Betrieb: Während der Arbeiten kann im betroffenen Bereich nur ein Gleis genutzt werden. Durch die S-Bahn-Sperre, mit der sich das Bauvorhaben nun überschneidet, werden Zuggarnituren, die südlich von Wien im Einsatz sind und bei Normalbetrieb in Wien-Floridsdorf gewartet würden, jetzt am Westbahnhof serviciert. Die Folge: Die S80 wird in diesem Abschnitt zeitweise komplett eingestellt.
