Bevor die Bohrmaschine überhaupt starten konnte, mussten an beiden Ufern die Zugangsbauwerke entstehen. In Wewelsfleth in Schleswig-Holstein liegt der Startschacht, in Wischhafen in Niedersachsen der Zielschacht. Beide Baugruben reichen rund 25 Meter tief und 60 Meter breit in den Boden. In ihnen entstehen mehrgeschoßige Schachtbauwerke, auf der schleswig-holsteinischen Seite wurde am zweiten Untergeschoss gearbeitet, auf der niedersächsischen bereits am fünften. Sie nehmen später die Anbindung der sechs Gleichstromkabel an den Tunnel sowie die Muffengebäude auf.
Der Aushub dieser Gruben war Spezialtiefbau unter erschwerten Bedingungen. Auf der schleswig-holsteinischen Seite wurden die Schlitzwände bis zu 39 Meter tief und 1,5 Meter breit ausgeführt, auf niedersächsischer Seite sogar bis zu 51 Meter tief. Schon die Schlitzwandarbeiten in Schleswig-Holstein liefen im Winter 2023 unter schwierigen Wetterbedingungen, mit Windlasten, aufgeweichtem Boden und anspruchsvoller Logistik. Rund 25.000 Kubikmeter Marschboden mussten auf der SH-Seite unter Wasser ausgehoben werden, weil das Wasser die Baugrubensohle gegen den Auftrieb stabilisierte. Das Wasser wurde etappenweise und bei gleichzeitiger Aussteifung der Baugrube abgesenkt.
Erst danach folgten Auftriebssicherungspfähle und eine 1,20 Meter starke Unterwasserbetonsohle, deren Einbau Industrietaucher vorbereiteten, indem sie Schlamm und Suspensionsreste entfernten. Auf der niedersächsischen Seite konnte man sich diese Unterwasserbetonsohle sparen: Dort übernahm der anstehende, nahezu wasserundurchlässige Lauenburger Ton einen Teil der Sicherungsfunktion. Für die Startseite nennt die PORR insgesamt 44 Schlitzwandlamellen und 549 Verdrängungspfähle.