Die Bedeutung des zweiten A26-Bauabschnitts liegt nicht nur in seinem Volumen, sondern vor allem in seiner baulichen und logistischen Komplexität. Errichtet werden zwei Autobahntunnel, die von der Donau unter dem Freinberg bis zur Westbrücke beim Linzer Hauptbahnhof führen. Sollte nach Ablauf der Stillhaltefrist kein erfolgreicher Einspruch erfolgen, soll der Baustart im Sommer erfolgen. Allein die Einrichtung der Baustelle wird rund drei Monate in Anspruch nehmen, für den zweiten Bauabschnitt insgesamt sind rund sechs Jahre Bauzeit vorgesehen.
Eine der zentralen Herausforderungen beginnt schon bei der Baustellenlogistik. Zigtausende Tonnen Sand und Gestein müssen abtransportiert werden. Dafür ist – ähnlich wie bereits beim Bau der Donautalbrücke – eine eigene Schiffsanlegestelle an der Donau vorgesehen. Das Ausbruchsmaterial soll über eine der bereits errichteten Auffahrtsrampen per Lkw aus dem Berg gebracht, anschließend auf Lastkähne verladen und über den Wasserweg abtransportiert werden.
Auch geologisch stellt das Los hohe Anforderungen. Zu Beginn des Tunnelvortriebs treffen die Bautrupps auf festen Gneis, in dem mit Sprengstoff gearbeitet werden kann. In diesem Abschnitt sind vergleichsweise rasche Vortriebsleistungen möglich. Anspruchsvoller wird das Projekt im letzten Drittel: Dort muss der Tunnel durch sandigen Untergrund getrieben werden, was deutlich aufwendigere Sicherungsmaßnahmen erfordert.
Hinzu kommt, dass sich der Bauabschnitt nicht auf den Tunnel unter dem Freinberg beschränkt. Gleichzeitig wird auch im Bereich des Wissensturms beim Hauptbahnhof gearbeitet, wo der Tunnel endet. Die A26 bleibt dort allerdings weiterhin unter der Erde: Im Bereich der Waldeggstraße ist eine Unterflurtrasse vorgesehen. Erst kurz vor der Westbrücke tritt die Trasse wieder an die Oberfläche. Mit dem Neubau dieser Brücke soll das Gesamtprojekt im Jahr 2035 seinen baulichen Schlusspunkt erreichen.