Et si une infection qui inquiète 44% des Français était en réalité bien plus présente qu’on ne l’imagine ? Chaque année, des centaines de cas d’hantavirus sont diagnostiqués dans l’Hexagone. Derrière ce chiffre, souvent méconnu, se cache une diversité de souches circulant silencieusement sur le territoire, souvent très localisées.

Un virus aux deux visages. La découverte d’un foyer d’infection à bord du navire MV Hondius a ravivé les inquiétudes autour de cette famille de virus encore peu connue du grand public. 

Pourtant, les hantavirus ne sont pas nouveaux puisqu’ils circulent depuis des décennies dans de nombreuses régions du monde, y compris en France, où plusieurs dizaines à plusieurs centaines de cas sont détectés chaque année.

Deux grandes familles d’hantavirus

Les hantavirus regroupent plus de vingt espèces virales transmises par des animaux, principalement des rongeurs. Les scientifiques distinguent deux grandes branches : les virus du «Nouveau monde», présents surtout en Amérique, et ceux de «l’Ancien monde», qui circulent en Europe et en Asie.

Le virus des Andes appartient à la première catégorie. Cette souche sud-américaine inquiète particulièrement les autorités sanitaires car elle est, à ce jour, la seule capable de se transmettre d’homme à homme. Cette caractéristique explique la vigilance autour du foyer détecté sur le MV Hondius.

En Europe, les hantavirus fonctionnent différemment. Les contaminations se font essentiellement du rongeur vers l’humain, via l’inhalation de poussières souillées par des excréments, de l’urine ou de la salive d’animaux infectés. La transmission interhumaine n’a pas été observée pour les souches européennes.

Les hantavirus américains provoquent principalement des syndromes pulmonaires sévères, avec une mortalité particulièrement élevée, estimée entre 30 et 60%. Les formes européennes entraînent davantage des fièvres hémorragiques à syndrome rénal, généralement moins graves, même si certaines peuvent provoquer des complications importantes. Leur taux de létalité varie de 0,4 à 10% selon les souches. Cette différence explique pourquoi les hantavirus européens, bien que surveillés, ne provoquent pas le même niveau d’alerte sanitaire que la souche des Andes.

Le virus Puumala, principal hantavirus français

En France, les hantavirus sont suivis de près par le Centre national de référence (CNR) des Hantavirus de l’Institut Pasteur. Entre 2005 et 2024, 2.046 cas de fièvres hémorragiques à syndrome rénal ont été diagnostiqués dans l’Hexagone.

La maladie reste relativement rare. L’Institut Pasteur évoque «une centaine de cas hospitalisés détectés en moyenne en France annuellement». Les chiffres fluctuent toutefois fortement selon les années, avec un pic enregistré en 2021 avec 320 cas et un minimum en 2013 avec 14 cas. Les premiers mois de 2026 ne montrent pas d’explosion inhabituelle des contaminations. Entre janvier et mars, le CNR a recensé 19 cas confirmés d’infection récente, un niveau considéré comme conforme aux moyennes observées en France.

Cinq hantavirus ont été identifiés en France métropolitaine. Le plus répandu est le virus Puumala, détecté pour la première fois dans les années 1980. Son principal réservoir est le campagnol roussâtre, un petit rongeur vivant surtout dans les zones forestières et en bordure des bois.

La majorité des cas humains sont recensés dans le quart nord-est de la France, région considérée comme la principale zone d’endémie. Mais les autorités sanitaires observent depuis plusieurs années une progression vers le sud et l’ouest du territoire.

Côte-d’Or, Rhône et Ain 

Le printemps constitue une période particulièrement surveillée. Santé publique France explique que les jeunes rongeurs nés au début de la saison s’infectent entre eux et libèrent davantage de virus dans l’environnement, augmentant ainsi le risque de contamination humaine.

Le virus de Séoul constitue une autre souche présente sur le territoire. Depuis 2012, quinze cas humains ont été identifiés en France, dont treize liés à des rats sauvages. Plusieurs départements ont été concernés, notamment la Côte-d’Or, la Saône-et-Loire, l’Ain ou encore le Rhône. Le virus Tula a également été détecté chez le campagnol commun dans le massif du Jura, le Bas-Rhin et l’Aveyron. Deux cas humains ont été signalés ces dernières années.

Enfin, deux autres virus ont été identifiés chez des taupes, le virus Nova chez la taupe européenne et le virus Landiras chez la taupe d’Aquitaine, dans le sud-ouest de la France. À ce stade, leur dangerosité pour l’être humain reste inconnue.