Le type de bactéries que l’on héberge n’en reste pas moins un paramètre de santé. Comme l’explique la chercheuse, l’absence de lactobacilles est associée à un risque deux à trois fois plus élevé de contracter une chlamydiose ou le VIH, et à un risque accru d’accouchement prématuré. Il pèse aussi sur le quotidien, puisque « certains états de dysbiose du microbiote vaginal peuvent être associés à des symptômes qui sont déjà en soi pénibles voire stigmatisants », note la chercheuse. Parmi eux : des pertes abondantes, une odeur caractéristique qui s’accentue après un rapport sexuel, parfois des démangeaisons ou des brûlures.
Comment, dès lors, distinguer un microbiote en bonne santé d’un microbiote qui ne l’est pas ? « Les notions telles que « sain » ou « normal » (et à l’inverse « pathologique ») sont difficiles à définir », prévient la chercheuse. Une femme sans symptôme est-elle en bonne santé pour autant ? Si sa flore double son risque d’IST alors qu’elle n’a pas de vie sexuelle exposée, doit-elle s’inquiéter ?
Dans les laboratoires, on parle de microbiote « optimal » ou « sous-optimal », selon le niveau de risque associé. « Mais « optimal » est un terme qui hiérarchise », souligne Jeanne Tamarelle. « Il semblerait que chaque femme cis-genre [il existe très peu d’études sur les hommes trans suivant une hormonothérapie et sur les femmes trans ayant un néovagin] ait un microbiote propre, relativement stable dans le temps », explique-t-elle.
Le déséquilibre s’entend dès lors par rapport à cette norme individuelle, qui n’est pas la même d’une femme à l’autre. « Le microbiote vaginal change lors de grandes étapes de la vie : la puberté, les éventuelles grossesses, la ménopause, la transition sexuelle pour les personnes concernées ayant des traitements hormonaux. » Le cycle menstruel produit, lui, des variations plus brèves et réversibles. « Il y a moins d’œstrogènes, le pH est plus élevé, l’acidité est moins forte. Donc la composition du microbiote change un peu, mais se remet en général à son état d’équilibre habituel à la fin des règles. »
Certaines femmes, enfin, vivent durablement avec un microbiote divers, dépourvu de lactobacilles, que la recherche classe pourtant comme sous-optimal face aux IST. « C’est leur microbiote, leur équilibre », insiste Jeanne Tamarelle, qui met en garde : « Attention à ne pas créer de nouvelles représentations péjoratives ou injonctions sociales sur le corps des femmes. »
« En clinique, l’état du microbiote vaginal est très peu évalué, à moins qu’il n’y ait une plainte de la part d’une patiente », rapporte la chercheuse. Le premier indice est le pH, plus bas quand les lactobacilles dominent. L’examen peut aller jusqu’au score de Nugent, lu au microscope à partir d’un prélèvement : « on y voit la forme des bactéries, et l’on peut dire si le microbiote est plutôt à dominante lactobacilles ou pas ».
En leur absence, le compte rendu parle de « vaginose bactérienne », la cause la plus fréquente de pertes vaginales chez les femmes en âge de procréer, qui récidive dans plus de la moitié des cas dans les trois mois suivant le traitement. L’étiquette « laisse penser que quelque chose ne va pas », relève la chercheuse. Or ce même profil peut correspondre à l’équilibre habituel, et sans gêne. Auquel cas deux questions se posent : est-ce là sa flore de toujours, et présente-t-elle des symptômes ?
La recherche dispose d’un outil plus fin, le séquençage à haut débit, encore trop coûteux pour la pratique courante. « Il s’agit de récupérer l’ADN présent dans un échantillon, d’en extraire la partie bactérienne et d’identifier à quelles espèces appartiennent ces morceaux d’ADN bactérien grâce à des bases de données de référence. » Sans lui, le microbiote habituel d’une patiente reste inconnu, et le point de comparaison manque.
Certains déséquilibres s’installent plus durablement, sans lien avec le cycle, et leurs causes restent mal cernées. Les antibiotiques sont des suspects, « cependant tous les antibiotiques ne ciblent pas toutes les bactéries », nuance la chercheuse. Ses propres travaux le montrent : les traitements de l’infection à Chlamydia, azithromycine ou doxycycline, épargnent largement la flore vaginale, tandis que le métronidazole, dirigé contre les anaérobies, bouleverse les microbiotes divers.