Les antibiotiques, antidépresseurs, bêtabloquants ou encore certains médicaments contre l’anxiété pourraient avoir un effet plus durable qu’on ne le pensait sur le microbiote intestinal.

On sait que les antibiotiques ont des effets immédiats sur la flore intestinale. Mais une vaste étude menée à partir des données de plus de 2500 patients d’une cohorte sur le microbiome montre que d’autres familles médicaments que l’on a pris peuvent aussi être associés à des modifications du microbiote intestinal et ce, plusieurs années après l’arrêt du traitement.

Les chercheurs de l’Institut de génomique de l’Université de Tartu, en Estonie, ont voulu mesurer plus précisément l’impact des traitements sur l’ensemble des bactéries et autres micro-organismes qui vivent dans notre tube digestif. Pour cela, ils ont croisé des échantillons de selles avec les données de prescription des 2500 patients. Le constat les a étonné : la plupart des médicaments étudiés étaient associés à des différences dans le microbiote intestinal. Mais surtout, ces altérations du microbiote restaient détectables plusieurs années après avoir arrêté la prise des médicaments.

Les antibiotiques ne sont pas les seuls concernés

« La plupart des études sur le microbiome ne prennent en compte que les médicaments actuellement pris, mais nos résultats montrent que la prise de traitements par le passé peut être tout aussi importante et constitue un facteur étonnamment puissant pour expliquer les différences individuelles du microbiome » explique le Dr Oliver Aasmets, auteur principal de l’étude.

Les antibiotiques ne sont donc pas les seuls concernés par les changements du microbiote. Les chercheurs ont également retrouvé un lien avec les antidépresseurs, les bêtabloquants (utilisés dans le traitement de l’hypertension et de certains problèmes cardiaques), les inhibiteurs de la pompe à protons (qui diminuent l’acidité de l’estomac et sont couramment prescrits contre le reflux gastro-œsophagien) et les benzodiazépines prescrits notamment contre les troubles anxieux.

Parmi les différents médicamentsles benzodiazépines ont particulièrement retenu l’attention des chercheurs. Leur association avec des changements du microbiote était comparable à celle observée avec les antibiotiques à large spectre. Autre constat : deux médicaments appartenant à une même famille ne produisent pas forcément les mêmes changements. Les chercheurs ont notamment observé des différences entre le diazépam et l’alprazolam, deux formes de benzodiazépines.

Il y aurait un effet cumulatif au fil des années

L’étude suggère aussi que l’effet des médicaments sur le microbiote pourrait s’accumuler. Plus une personne a été exposée à certains médicaments dans le passé, plus l’association avec des modifications du microbiote peut être importante. Cette étude ne dit pas qu’une personne ayant pris l’un de ces médicaments aura forcément un problème intestinal des années plus tard. Mais elle montre que l’histoire médicamenteuse peut être associée à la composition du microbiote longtemps après la prise d’un traitement.

« Il s’agit d’une évaluation systématique et exhaustive des effets à long terme des médicaments sur le microbiome, basée sur des données médicales réelles » déclare la professeure Elin Org, co-auteure de l’étude. Les auteurs entendent montrer que le microbiote ne reflète pas seulement ce qu’une personne mange ou son mode de vie. Les traitements pris dans le passé pourraient eux aussi laisser une empreinte détectable.

Source :

A hidden confounder for microbiome studies: medications used years before sample collection, ASM journal, septembre 2026