En 2021, une technologie d\u00e9velopp\u00e9e \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 du Michigan, appel\u00e9e Seq-Scope, a r\u00e9volutionn\u00e9 la capacit\u00e9 de cartographier l\u2019activit\u00e9 des g\u00e8nes dans les tissus intacts \u00e0 une r\u00e9solution microscopique, permettant aux chercheurs de mesurer toutes les mol\u00e9cules d\u2019ARNm exprim\u00e9es et de d\u00e9terminer pr\u00e9cis\u00e9ment o\u00f9 elles se trouvent dans le tissu, \u00e0 l\u2019aide d\u2019un s\u00e9quenceur Illumina.<\/p>\n
L’\u00e9quipe derri\u00e8re la m\u00e9thode Seq-Scope, dirig\u00e9e par Jun Hee Lee, Ph.D., a r\u00e9cemment pouss\u00e9 la technologie encore plus loin.<\/p>\n
Leurs conclusions sont d\u00e9crites dans Communications naturelles.<\/p>\n
\u00ab\u00a0Nous nous sommes demand\u00e9s ce que nous pourrions voir si nous avions une r\u00e9solution encore meilleure\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Lee, professeur de physiologie mol\u00e9culaire et int\u00e9grative \u00e0 la facult\u00e9 de m\u00e9decine de l’UM.<\/p>\n
\u00ab\u00a0Mais nous avons r\u00e9alis\u00e9 que c’\u00e9tait physiquement impossible.\u00a0\u00bb<\/p>\n
Pourquoi?<\/p>\n
La pr\u00e9paration d’une lame de tissu \u00e0 lire par un s\u00e9quenceur Illumina implique la diffusion de mol\u00e9cules du tissu vers le r\u00e9seau qui est finalement lu par le s\u00e9quenceur.<\/p>\n
Cette diffusion est limit\u00e9e \u00e0 environ un micron.<\/p>\n
Pour d\u00e9passer cette barri\u00e8re, l’\u00e9quipe de Lee a agrandi proportionnellement les tissus en question, en les incorporant dans de l’hydrogel puis en les infusant d’eau pour qu’ils se d\u00e9veloppent.<\/p>\n
La strat\u00e9gie d’expansion a \u00e9t\u00e9 con\u00e7ue pour la premi\u00e8re fois par Angelo Anacleto, \u00e9tudiant dipl\u00f4m\u00e9 de Lee, qui a incorpor\u00e9 des m\u00e9thodes d’expansion chimique des tissus dans Seq-Scope en collaboration avec Hee-Sun Han, Ph.D., professeur de chimie \u00e0 l’Universit\u00e9 de l’Illinois Urbana-Champaign.<\/p>\n
Nous avons agrandi le tissu puis l\u2019avons analys\u00e9 \u00e0 l\u2019aide de notre m\u00e9thodologie SeqScope. Et nous avons pu montrer qu\u2019il s\u2019agit bien d\u2019une capture pr\u00e9cise et exacte du transcriptome du tissu. \u00bb<\/p>\n
Jun Hee Lee, Ph.D., professeur de physiologie mol\u00e9culaire et int\u00e9grative, facult\u00e9 de m\u00e9decine de l’UM<\/p>\n
En utilisant leur m\u00e9thode bien nomm\u00e9e Seq-Scope-eXpanded, ou Seq-Scope-X, leur a permis de voir avec une r\u00e9solution encore plus grande la d\u00e9limitation entre les cellules et m\u00eame les transcriptions de diff\u00e9rentes structures au sein des cellules, comme le noyau et le cytoplasme.<\/p>\n
Les m\u00e9thodes informatiques d\u00e9velopp\u00e9es par Hyun Min Kang, Ph.D., professeur de biostatistique \u00e0 l’UM School of Public Health, ont permis \u00e0 l’\u00e9quipe d’identifier les diff\u00e9rences entre les ARNm transcrits dans le noyau et le cytoplasme des cellules h\u00e9patiques.<\/p>\n
Lee affirme que l’outil pourrait \u00eatre utilis\u00e9 pour faire des d\u00e9couvertes qui n’\u00e9taient pas possibles avec les m\u00e9thodes pr\u00e9c\u00e9dentes.<\/p>\n
\u00ab\u00a0Nous avons en quelque sorte repouss\u00e9 cette limite d’un autre ordre de grandeur afin de pouvoir obtenir des informations plus riches. Cette technologie \u00e9volue vraiment rapidement, avec une r\u00e9solution environ quatre fois sup\u00e9rieure chaque ann\u00e9e depuis pr\u00e8s d’une d\u00e9cennie. Nous sommes heureux que l’Universit\u00e9 du Michigan soit \u00e0 un point d’inflexion majeur. \u00ab\u00a0<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"En 2021, une technologie d\u00e9velopp\u00e9e \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 du Michigan, appel\u00e9e Seq-Scope, a r\u00e9volutionn\u00e9 la capacit\u00e9 de cartographier l\u2019activit\u00e9…\n","protected":false},"author":2,"featured_media":23642,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[82],"tags":[12,13,18,17,86,13327,87],"class_list":{"0":"post-23641","1":"post","2":"type-post","3":"status-publish","4":"format-standard","5":"has-post-thumbnail","7":"category-sante","8":"tag-be","9":"tag-be-fr","10":"tag-belgique","11":"tag-belgium","12":"tag-health","13":"tag-methode","14":"tag-sante"},"share_on_mastodon":{"url":"","error":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/23641","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=23641"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/23641\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/media\/23642"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=23641"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=23641"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=23641"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}