![](\"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-content\/uploads\/2026\/04\/1776665495_463_Le-partage-mondial-de-donnees-proteomiques-se-developpe-rapidement-a.jpg\")
<\/p>\nPlus de 64\u00a0000 ensembles de donn\u00e9es prot\u00e9omiques ont d\u00e9sormais transit\u00e9 par ProteomeXchange, et la derni\u00e8re mise \u00e0 jour du consortium montre comment des normes plus intelligentes, des outils de r\u00e9utilisation plus solides et des ressources pr\u00eates pour l’IA remod\u00e8lent le partage de donn\u00e9es biologiques.<\/p>\n
Mise \u00e0 jour de la base de donn\u00e9es : Le consortium ProteomeXchange en 2026 : rendre les donn\u00e9es prot\u00e9omiques FAIR. Cr\u00e9dit d’image : Christoph Burgstedt\/Shutterstock<\/p>\n
Dans un r\u00e9cent article de mise \u00e0 jour de la base de donn\u00e9es publi\u00e9 dans la revue Recherche sur les acides nucl\u00e9iquesune \u00e9quipe internationale d’auteurs a d\u00e9crit les avanc\u00e9es r\u00e9centes, la croissance des donn\u00e9es, la normalisation et les orientations futures du Consortium ProteomeXchange pour permettre \u00c9QUITABLE Partage de donn\u00e9es prot\u00e9omiques (trouvables, accessibles, interop\u00e9rables, r\u00e9utilisables).<\/p>\n
Contexte du partage de donn\u00e9es prot\u00e9omiques et principes FAIR<\/p>\n
Que se passe-t-il lorsque des milliers d\u2019ensembles de donn\u00e9es biologiques restent inutilis\u00e9s ? En prot\u00e9omique, le partage de donn\u00e9es est essentiel pour faire progresser la recherche sur les maladies, les m\u00e9dicaments et la biologie humaine. Au cours de la derni\u00e8re d\u00e9cennie, l\u2019essor rapide de la prot\u00e9omique bas\u00e9e sur la spectrom\u00e9trie de masse a g\u00e9n\u00e9r\u00e9 de vastes ensembles de donn\u00e9es, mais leur valeur d\u00e9pend de leur accessibilit\u00e9 et de leur r\u00e9utilisation. Le \u00c9QUITABLE des principes ont \u00e9t\u00e9 \u00e9labor\u00e9s pour guider la gestion et la gestion des donn\u00e9es scientifiques de mani\u00e8re \u00e0 soutenir une science reproductible et transparente. Les plateformes collaboratives jouent d\u00e9sormais un r\u00f4le crucial dans l\u2019int\u00e9gration et la distribution de ces donn\u00e9es entre disciplines. Toutefois, une innovation continue est n\u00e9cessaire pour g\u00e9rer la complexit\u00e9 croissante des nouveaux ensembles de donn\u00e9es.<\/p>\n
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Statistiques r\u00e9capitulatives des ensembles de donn\u00e9es d\u00e9pos\u00e9s sur les ressources ProteomeXchange depuis 2012. (A) Tendance des ensembles de donn\u00e9es rendus publics (vert) et non encore publi\u00e9s (orange) de mai 2012 \u00e0 juin 2025. Au total, 1 156 ensembles de donn\u00e9es ont \u00e9t\u00e9 soumis en juin 2025. (B) R\u00e9sum\u00e9 des 15 principales esp\u00e8ces pour les ensembles de donn\u00e9es rendus publics depuis 2012. (C) R\u00e9sum\u00e9 des 15 principaux instruments tel que rapport\u00e9 par les d\u00e9clarants pour les ensembles de donn\u00e9es rendus publics depuis 2012. (D) R\u00e9sum\u00e9 du nombre relatif de tous les ensembles de donn\u00e9es par le r\u00e9f\u00e9rentiel r\u00e9cepteur. <\/p>\n
Infrastructure ProteomeXchange et normes de donn\u00e9es<\/p>\n
Le consortium maintient une infrastructure qui permet la soumission, le stockage et la diffusion standardis\u00e9s des donn\u00e9es prot\u00e9omiques g\u00e9n\u00e9r\u00e9es par spectrom\u00e9trie de masse. Les r\u00e9f\u00e9rentiels membres qui ont contribu\u00e9 \u00e0 l’archivage et \u00e0 l’acc\u00e8s aux donn\u00e9es incluent la base de donn\u00e9es PRoteomics IDEntifications (FIERT\u00c9), PeptideAtlas, environnement virtuel interactif de spectrom\u00e9trie de masse (Massif), R\u00e9f\u00e9rentiel\/base de donn\u00e9es standard du prot\u00e9ome japonais (jPOST), Ressources prot\u00e9omiques int\u00e9gr\u00e9es (iProX), et Panorama Public. Les ensembles de donn\u00e9es soumis comprenaient des fichiers bruts de spectrom\u00e9trie de masse, des donn\u00e9es trait\u00e9es avec des r\u00e9sultats d’identification et de quantification et des m\u00e9tadonn\u00e9es exp\u00e9rimentales structur\u00e9es selon la Proteomics Standards Initiative (psi)-normes \u00e9labor\u00e9es.<\/p>\n
Des t\u00e9l\u00e9chargements efficaces ont \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9s \u00e0 l’aide d’un certain nombre de protocoles de transfert de donn\u00e9es, notamment le protocole de transfert de fichiers (FTP), Aspera, Protocole de transfert hypertexte s\u00e9curis\u00e9 (HTTPS), la cr\u00e9ation et la gestion de versions distribu\u00e9es sur le Web (WebDAV) et PRESTO. De plus, la standardisation des m\u00e9tadonn\u00e9es a \u00e9t\u00e9 am\u00e9lior\u00e9e gr\u00e2ce au format de relation d’\u00e9chantillon et de donn\u00e9es (SDRF)-Prot\u00e9omique, permettant une cartographie claire entre les \u00e9chantillons et les conditions exp\u00e9rimentales. Des identifiants uniques d’ensemble de donn\u00e9es (identifiants d’ensemble de donn\u00e9es ProteomeXchange) garantissaient la tra\u00e7abilit\u00e9, tandis que les ensembles de donn\u00e9es r\u00e9analys\u00e9s se voyaient attribuer des identifiants RPXD.<\/p>\n
ProteomeCentral a int\u00e9gr\u00e9 les m\u00e9tadonn\u00e9es de tous les r\u00e9f\u00e9rentiels, permettant la recherche et la r\u00e9cup\u00e9ration d’ensembles de donn\u00e9es via une plate-forme unique. Identificateurs de spectre universels (USIs) a permis une identification et une visualisation pr\u00e9cises de spectres uniques. L’infrastructure a \u00e9galement facilit\u00e9 leur r\u00e9utilisation \u00e0 grande \u00e9chelle, leur int\u00e9gration avec des ressources externes et leur utilisation dans l’apprentissage automatique et l’intelligence artificielle (IA) flux de travail.<\/p>\n
Applications de croissance, de r\u00e9utilisation et d’IA de ProteomeXchange<\/p>\n
Les statistiques de soumission mises \u00e0 jour du consortium ont montr\u00e9 une croissance substantielle du partage et de la r\u00e9utilisation des donn\u00e9es prot\u00e9omiques \u00e0 l’\u00e9chelle mondiale. En juin 2025, un total de 64\u00a0330 ensembles de donn\u00e9es avaient \u00e9t\u00e9 soumis, dont 44\u00a0248 (69 %) \u00e9taient accessibles au public, ce qui refl\u00e8te un engagement fort en faveur de la science ouverte. Notamment, 47 % de tous les ensembles de donn\u00e9es ont \u00e9t\u00e9 soumis au cours des trois derni\u00e8res ann\u00e9es, ce qui met en \u00e9vidence une tendance acc\u00e9l\u00e9r\u00e9e en mati\u00e8re de g\u00e9n\u00e9ration et de partage de donn\u00e9es.<\/p>\n
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Figure de pr\u00e9sentation incluant les ressources actuelles de ProteomeXchange et les principaux efforts consacr\u00e9s \u00e0 la r\u00e9utilisation des donn\u00e9es des ensembles de donn\u00e9es prot\u00e9omiques publics. Diff\u00e9rents types de r\u00e9utilisation des donn\u00e9es sont r\u00e9pertori\u00e9s et pour chacun d’eux, les outils et\/ou ressources de donn\u00e9es correspondants o\u00f9 ces donn\u00e9es sont accessibles sont indiqu\u00e9s. <\/p>\n
La plupart des soumissions provenaient du FIERT\u00c9 d\u00e9p\u00f4t (77%), suivi de iProX (11%), Massif (7,4%), jPOST (3,8 %), et de tr\u00e8s petites quantit\u00e9s de Panorama Public et PeptideAtlas. Plus de 80 pays ont contribu\u00e9 \u00e0 ces ressources prot\u00e9omiques publiques, ce qui indique que l\u2019utilisation de la prot\u00e9omique dans la recherche biom\u00e9dicale est r\u00e9pandue \u00e0 l\u2019\u00e9chelle mondiale.<\/p>\n
Les ressources ProteomeXchange prennent de plus en plus en charge des formats standardis\u00e9s et des m\u00e9tadonn\u00e9es plus riches pour am\u00e9liorer l’interop\u00e9rabilit\u00e9 entre les ensembles de donn\u00e9es. Le psi-formats d\u00e9velopp\u00e9s et SDRF-La prot\u00e9omique a am\u00e9lior\u00e9 les m\u00e9tadonn\u00e9es des ensembles de donn\u00e9es en am\u00e9liorant leur qualit\u00e9, leur reproductibilit\u00e9 et leur valeur. L’utilisation globale de USIs ont facilit\u00e9 l\u2019acc\u00e8s et la visualisation de spectres individuels dans plusieurs r\u00e9f\u00e9rentiels de donn\u00e9es diff\u00e9rents. Cela a am\u00e9lior\u00e9 la transparence et la validation des r\u00e9sultats exp\u00e9rimentaux.<\/p>\n
Les activit\u00e9s de r\u00e9utilisation des donn\u00e9es ont \u00e9galement augment\u00e9 au sein du consortium. Les ensembles de donn\u00e9es publics ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9analys\u00e9s pour obtenir de nouvelles informations biologiques, telles que la validation des s\u00e9quences prot\u00e9iques et l’identification des modifications post-traductionnelles. L’int\u00e9gration avec la base de connaissances UniProt (UniProtKB) a permis de cartographier plus de 93 % du prot\u00e9ome humain, d\u00e9montrant ainsi la puissance de l’analyse des donn\u00e9es.<\/p>\n
Les ressources prot\u00e9omiques quantitatives telles que MassIVE.quant et quantms ont permis des analyses reproductibles \u00e0 grande \u00e9chelle. De plus, l’int\u00e9gration multi-omique via des ressources telles que Omics Discovery Index (OmicsDI) et MGnify a aid\u00e9 \u00e0 int\u00e9grer des ensembles de donn\u00e9es prot\u00e9omiques, g\u00e9nomiques et transcriptomiques.<\/p>\n
Les applications d\u2019intelligence artificielle et d\u2019apprentissage automatique \u00e9taient de plus en plus soutenues par la disponibilit\u00e9 d\u2019ensembles de donn\u00e9es de haute qualit\u00e9. Des outils tels que MassIVE-Knowledge-Base (MassIVE-KB) et ProteomicsML ont permis le d\u00e9veloppement de mod\u00e8les pr\u00e9dictifs pour l’identification, la fragmentation et la quantification des prot\u00e9ines des peptides. Ces progr\u00e8s transforment la prot\u00e9omique en un domaine ax\u00e9 sur les donn\u00e9es, avec de futures applications potentielles en m\u00e9decine de pr\u00e9cision.<\/p>\n
De nombreux d\u00e9fis subsistent dans ce domaine de recherche. En raison des r\u00e9glementations en mati\u00e8re de confidentialit\u00e9 telles que le r\u00e8glement g\u00e9n\u00e9ral sur la protection des donn\u00e9es (RGPD) et la loi sur la portabilit\u00e9 et la responsabilit\u00e9 en mati\u00e8re d’assurance maladie (HIPAA), davantage de syst\u00e8mes \u00e0 acc\u00e8s contr\u00f4l\u00e9 et de capacit\u00e9s de stockage sont n\u00e9cessaires pour les donn\u00e9es humaines. De plus, de nouvelles technologies sont apparues qui utilisent la prot\u00e9omique comme m\u00e9thode de mesure principale et ne d\u00e9pendent pas de la spectrom\u00e9trie de masse, notamment les plateformes de prot\u00e9omique d’affinit\u00e9 telles que les tests SomaLogic et Olink. Cela conduira \u00e0 de nouvelles m\u00e9thodologies de recherche\u00a0; les chercheurs pourraient donc avoir besoin de ressources suppl\u00e9mentaires.<\/p>\n
Orientations futures de l\u2019infrastructure prot\u00e9omique FAIR<\/p>\n
Le Consortium ProteomeXchange a cr\u00e9\u00e9 un environnement collaboratif innovant pour le partage mondial de donn\u00e9es prot\u00e9omiques, align\u00e9 sur \u00c9QUITABLE principes. L\u2019introduction de formats standardis\u00e9s, une \u00e9volutivit\u00e9 accrue et la fourniture d\u2019outils analytiques de pointe ont facilit\u00e9 la r\u00e9utilisation \u00e0 grande \u00e9chelle des donn\u00e9es existantes pour faire progresser les innovations en biologie et en m\u00e9decine. Cependant, les progr\u00e8s futurs d\u00e9pendent de la r\u00e9solution de la confidentialit\u00e9 des donn\u00e9es, de l\u2019\u00e9volutivit\u00e9 et des technologies \u00e9mergentes.<\/p>\n
Il existe un besoin continu d\u2019innovation et de collaboration pour maintenir une large accessibilit\u00e9 et soutenir la fiabilit\u00e9 et l\u2019impact continus des donn\u00e9es prot\u00e9omiques pour faire progresser la d\u00e9couverte scientifique et permettre une r\u00e9utilisation bioinformatique plus large.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Plus de 64\u00a0000 ensembles de donn\u00e9es prot\u00e9omiques ont d\u00e9sormais transit\u00e9 par ProteomeXchange, et la derni\u00e8re mise \u00e0 jour…\n","protected":false},"author":2,"featured_media":80215,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[82],"tags":[12,13,18,17,23899,12385,25024,86,4349,5391,14066,32165,32164,5272,87],"class_list":{"0":"post-80214","1":"post","2":"type-post","3":"status-publish","4":"format-standard","5":"has-post-thumbnail","7":"category-sante","8":"tag-be","9":"tag-be-fr","10":"tag-belgique","11":"tag-belgium","12":"tag-developpe","13":"tag-donnees","14":"tag-evolue","15":"tag-health","16":"tag-mesure","17":"tag-mondial","18":"tag-partage","19":"tag-proteomexchange","20":"tag-proteomiques","21":"tag-rapidement","22":"tag-sante"},"share_on_mastodon":{"url":"https:\/\/pubeurope.com\/@be_fr\/116435618814179217","error":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/80214","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=80214"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/80214\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/media\/80215"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=80214"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=80214"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/be-fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=80214"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}