Pendant des siècles, les historiens ont attribué aux colons européens l’introduction de la variole dans les Amériques. Une nouvelle étude vient désormais en apporter la première preuve génétique, comme le rapportent nos confrères de Live Science. En effet, en analysant l’ADN de deux momies incas découvertes dans le nord du Chili, des chercheurs ont identifié les plus anciens génomes du virus jamais retrouvés sur le continent américain. Leur découverte, publiée dans la revue Science, éclaire sous un jour inédit l’une des plus grandes catastrophes sanitaires de l’histoire.
Il est important de noter que jusqu’à présent, l’arrivée de la variole en Amérique reposait essentiellement sur des témoignages écrits par les colonisateurs européens. Si les archives faisaient état d’une première épidémie dans les Caraïbes en 1518, au cours de la conquête espagnole, aucune preuve moléculaire n’était venue confirmer l’origine du virus ni retracer précisément son évolution. Les chercheurs ont désormais identifié de l’ADN du virus Variola dans les restes de deux adultes incas momifiés ayant vécu entre 1492 et 1631. Cette découverte constitue la plus ancienne trace génétique connue de la maladie dans les Amériques.
Un virus venu d’Europe qui a causé la mort de millions d’Autochtones
« Aucun d’entre nous ne s’attendait à trouver de l’ADN du virus de la variole dans les échantillons analysés. Ce fut une véritable surprise », explique Shigeki Nakagome, généticien au Trinity College de Dublin et coauteur de l’étude. L’équipe ne recherchait d’ailleurs pas d’agents pathogènes anciens, mais s’intéressait à l’histoire génétique des populations de la région. Et l’expert d’ajouter : « Je ne pense pas qu’il existait de documents historiques mentionnant la variole dans cette communauté en particulier. Personne ne s’attendait donc à découvrir des preuves de cette maladie ».
L’analyse des deux génomes révèle qu’ils sont presque identiques, ce qui laisse penser que les deux individus ont été contaminés lors de la même épidémie, ou par une souche circulant simultanément. En comparant ces génomes anciens avec ceux de souches européennes et modernes, les scientifiques ont établi qu’ils appartenaient à une lignée aujourd’hui disparue, issue d’un ancêtre commun apparu vers 1296 en Europe. Cette souche représente un intermédiaire évolutif entre les virus médiévaux européens et les formes plus récentes de la maladie. « Nous apportons la première preuve moléculaire de l’introduction de la variole dans les Amériques par le biais de la colonisation », affirme Shigeki Nakagome.
La découverte vient confirmer ce que les historiens soupçonnaient depuis longtemps… La maladie a accompagné l’expansion européenne et s’est propagée rapidement auprès de populations qui n’avaient jamais été exposées au virus. Les conséquences furent dramatiques et les chercheurs estiment que la variole a causé la mort de trois à quatre millions d’Autochtones ! Combinée aux violences de la conquête, à l’esclavage et à d’autres maladies importées d’Europe, elle aurait contribué à la disparition d’environ 90% de la population originelle des Amériques avant 1600…
La variole, un virus qui s’est adapté à l’être humain ?
L’étude apporte également de nouveaux éléments sur l’évolution biologique du virus. Les analyses montrent qu’au fil du temps, plusieurs mutations ont désactivé les gènes permettant à Variola d’infecter d’autres espèces animales. « À partir de ce moment-là, le virus de la variole s’est spécialisé pour ne cibler que les êtres humains », explique Bruno Romero González, biologiste computationnel au Trinity College de Dublin et premier auteur de l’étude. Cette adaptation aurait progressivement rendu le virus plus performant pour se transmettre entre humains…
Pour Anne Stone, anthropologue à l’université d’État de l’Arizona, qui n’a pas participé aux travaux, cette découverte représente une étape majeure. « Cet article est vraiment remarquable parce que nous savons, grâce aux archives historiques, que la variole a eu un impact immense sur les populations autochtones des Amériques », confie-t-elle. Puis de poursuivre : « Cette étude nous offre la première description du pathogène pendant la période coloniale ». Et elle confirme donc les récits historiques faisant état d’une vaste épidémie ayant balayé le continent.
Une recherche qui pourrait aider les scientifiques
Au-delà de son intérêt historique, cette recherche pourrait aussi aider les scientifiques à mieux comprendre l’évolution de virus actuels. Anne Stone souligne notamment que le mpox, anciennement appelé variole du singe, appartient à la même famille que la variole et pourrait suivre un processus d’adaptation comparable. « Il est toujours utile d’étudier les agents pathogènes anciens car cela nous aide à comprendre comment ces virus s’adaptent à nous », conclut-elle.
Les auteurs espèrent désormais retrouver d’autres échantillons d’ADN ancien de Variola dans différentes régions des Amériques afin de reconstituer plus précisément la propagation de la maladie. Cette étude vient également renforcer d’autres indices archéologiques déjà mis au jour, notamment sur les squelettes de deux enfants du XVIe siècle enterrés au Pérou, dont les lésions osseuses évoquaient déjà une infection… par la variole.