Il y a 65 000 ans, quelque chose a effacé toute la diversité génétique des Néandertaliens d’Europe. Pas une catastrophe soudaine, pas une météorite, pas un volcan. Un goulot d’étranglement démographique silencieux, concentré dans une seule région : le sud-ouest de la France actuelle. Une étude publiée en mars 2026 dans les Proceedings of the National Academy of Sciences vient de reconstituer ce basculement avec une précision inédite, et les conclusions bousculent ce qu’on croyait comprendre de l’extinction de nos cousins les plus proches.

À retenir

Une seule région française a concentré l’ensemble de la diversité génétique néandertalienne avant son effondrement
Un événement climatique brutal il y a 75 000 ans a décimé les populations du nord et créé un refuge inattendu
Malgré une expansion géographique, les Néandertaliens tardifs partageaient tous le même ADN : une fragilité biologique masquée

Sommaire

59 génomes, une seule lignée
Le sud-ouest de la France, dernier refuge
La diversité génétique : un facteur clé de l’extinction

59 génomes, une seule lignée

Une équipe internationale dirigée par l’archéogénéticien Cosimo Posth, de l’Université de Tübingen, a analysé les séquences d’ADN mitochondrial d’un total de 59 individus néandertaliens. La méthode repose sur une ressource génétique particulièrement robuste face au temps : les chercheurs ont étudié l’ADN mitochondrial, un matériel génétique présent dans les mitochondries. Bien qu’il contienne moins d’informations que le génome complet, cet ADN se conserve souvent mieux dans les restes anciens. Un avantage décisif quand on tente de lire l’histoire d’ossements vieux de plusieurs dizaines de millénaires.

L’équipe a séquencé l’ADN mitochondrial de dix nouveaux individus néandertaliens, provenant de six sites archéologiques situés en Belgique, en France, en Allemagne et en Serbie. Ces données ont été comparées à 49 génomes mitochondriaux déjà publiés. Parmi les sites particulièrement riches : le site sous roche de Tourtoirac, en France, où ont été découverts trois restes de Néandertaliens analysés dans cette étude. Pour aller plus loin que la seule génétique, l’équipe a croisé ces analyses avec la base de données archéologique ROAD, afin de modéliser l’évolution spatiale de l’espèce.

Le résultat est sans appel. Presque tous les Néandertaliens tardifs d’Europe appartiennent à une seule lignée mitochondriale de diversification récente, confirmant un remplacement génétique à grande échelle. : là où l’on s’attendait à trouver plusieurs populations distinctes coexistant à travers le continent, il n’y avait plus qu’un seul rameau. Un arbre généalogique réduit à une branche unique, de l’Espagne au Caucase.

Le sud-ouest de la France, dernier refuge

Comment en est-on arrivé là ? Le scénario reconstitué par les chercheurs commence bien avant le basculement génétique, autour de -75 000 ans. Des conditions climatiques extrêmes il y a environ 75 000 ans ont fortement affecté les Néandertaliens d’Europe, réduisant leurs populations autrefois diversifiées génétiquement. Les sites archéologiques diminuent alors en nombre et se concentrent de plus en plus dans le sud-ouest de l’Europe.

Selon Cosimo Posth, les groupes de Néandertaliens d’Europe du Nord ont péri, tandis qu’un groupe qui se trouvait déjà dans le sud-ouest de la France a survécu à ce changement climatique. « Les Néandertaliens avaient déjà connu plusieurs glaciations auparavant, mais la dernière s’est avérée particulièrement rude pour leur survie. » Le Périgord, le Quercy, les vallées de Dordogne, ces paysages que les touristes d’aujourd’hui parcourent pour leurs châteaux et leurs truffes — ont donc joué un rôle de refuge climatique pour la dernière génération d’une espèce humaine entière.

Les données ont permis de reconstruire leur retrait vers l’actuelle France du Sud-Ouest. Là, il y a environ 65 000 ans, une nouvelle population a émergé et s’est ensuite répandue dans toute l’Europe. Plus tard, le climat s’est réchauffé et les Néandertaliens ont commencé à se déplacer plus largement, mais la majeure partie de leur diversité génétique avait été perdue, de sorte que même des groupes très dispersés avaient un ADN très similaire. Une expansion géographique sans expansion génétique : le paradoxe d’une espèce qui reconquiert l’espace mais reste prisonnière de son étroitesse biologique.

Un individu, pourtant, échappe à ce schéma. Un individu nommé Thorin, découvert dans la Grotte Mandrin en France, daté d’environ 50 000 ans, appartient à l’une des anciennes lignées. Des preuves suggèrent qu’au moins l’une de ces lignées antérieures a réussi à survivre à l’événement de contraction. Posth précise que Thorin représente « le seul spécimen qui ne rentre pas dans l’histoire. » Une anomalie qui rappelle que la réalité biologique résiste toujours aux modèles trop propres.

La diversité génétique : un facteur clé de l’extinction

En biologie évolutive, une faible diversité génétique est un immense handicap, rendant les populations particulièrement vulnérables aux maladies et aux variations environnementales. C’est précisément ce piège que les Néandertaliens tardifs n’ont pas pu éviter. Comme ils semblaient provenir d’un seul groupe, leur diversité génétique globale avait été réduite par rapport aux populations précédentes ; ils étaient tous extrêmement similaires sur le plan génétique à travers l’Europe. Cette faible diversité, qui s’est accentuée il y a environ 42 000 ans, peu avant la disparition générale des Néandertaliens, « a probablement contribué à leur extinction », a souligné Posth.

Les chercheurs ont utilisé un programme statistique pour calculer si les changements de diversité de l’ADN mitochondrial dans le temps étaient compatibles avec l’hypothèse d’une population de taille constante. Ce n’était pas le cas : selon les calculs, le nombre de Néandertaliens a décliné rapidement et brutalement entre 45 000 et 42 000 ans avant notre ère. Trente mille ans après le basculement génétique du sud-ouest de la France, la chute finale était déjà amorcée.

La question de la cause reste ouverte. Les chercheurs estiment qu’il n’y a pas eu une seule cause à l’extinction des Néandertaliens, mais que ce manque de diversité génétique les a rendus plus vulnérables face aux changements climatiques et autres perturbations. Malgré cette faible diversité génétique, les Néandertaliens tardifs d’Europe présentaient une grande diversité d’un site à l’autre, notamment en ce qui concerne leurs artefacts et leur art. Posth explique que les groupes de Néandertaliens tardifs étaient peu connectés entre eux, ce qui aurait engendré des groupes plus consanguins, « mais aussi une plus grande diversité culturelle et archéologique, car ces groupes isolés auraient développé des cultures plus spécialisées. »

C’est là le paradoxe fascinant de cette histoire : les Néandertaliens ont peut-être été, dans leurs derniers millénaires, les plus « culturellement originaux » au moment même où ils étaient génétiquement les plus fragiles. Et les prochaines étapes de la recherche pourraient affiner encore ce tableau : de futures analyses pourraient chercher à tester ces résultats en analysant l’ADN des noyaux cellulaires des Néandertaliens plutôt que de leurs mitochondries, un défi majeur car l’ADN nucléaire est plusieurs centaines de fois moins abondant que l’ADN mitochondrial dans les cellules. ce que l’on sait aujourd’hui n’est peut-être que le début du récit.