Der Fahrgastverband Pro Bahn hält die Erklärungen für die Schwierigkeiten allerdings für unzureichend. Hitze und Unwetter habe es auch auf anderen Bahnstrecken gegeben, sie seien keine Besonderheit der Verbindung zwischen Hamburg und Berlin. Der Verband sieht vielmehr strukturelle Probleme bei der Modernisierung der Bahn. Es fehle unter anderem an Planungs- und Prüfkapazitäten für die neue Leit- und Sicherungstechnik.
Außerdem habe die Deutsche Bahn bei der Wiederinbetriebnahme „hektisch und chaotisch“ geplant. Aus Sicht des Fahrgastverbands hätte die Strecke im Zweifel ein oder zwei Wochen länger gesperrt bleiben müssen, um Mängel vor der Wiedereröffnung zu beheben. Pro Bahn fordert deshalb einen gemeinsamen Gipfel von Bundesregierung, Bahn und Bahnindustrie. Dort müsse eine Strategie entwickelt werden, wie ausreichend Personal für Planung, Bau und technische Abnahmen bereitgestellt werden könne.
Tatsächlich verweist auch die Bundesregierung auf Schwierigkeiten bei der Abnahme der Leit- und Sicherungstechnik. Durch umfangreichere technische Nachweise sei der zeitliche Aufwand für Begutachtungen und Freigaben teilweise schwer vorhersehbar. Für künftige Korridorsanierungen sollen deshalb einzelne Arbeiten und Abnahmen stärker vor beziehungsweise nach die eigentliche Hauptbauphase verlagert werden.