Für die Region Berlin und Brandenburg ergeben sich durch die Sperrungen umfangreiche Änderungen auf der Hamburger Bahn und darüber hinaus auch abschnittsweise bei den darauf zulaufenden Linien. So sind neben der Linie RE8 Berlin Wittenberge Schwerin Wismar auch die Linien RE6 zwischen Perleberg und Wittenberge, die S1 zwischen Osterburg und Wittenberge sowie die RB73 betroffen.
Um weiterhin eine schnelle Verbindung zwischen Mecklenburg-Vorpommern und Berlin sicherzustellen und die Ersatzverkehre entlasten zu können, wird für die Zeit der Baumaßnahmen eine Direktverbindung von Schwerin nach Berlin als RE85 angeboten. Die Züge verkehren im 2-Stunden-Takt über Bad Kleinen, Güstrow, Neustrelitz (Halt nur in Richtung Schwerin) und Oranienburg nach Berlin.
Durch parallele Baumaßnahmen zwischen Neuruppin Rheinsberger Tor und Kremmen bzw. Velten sind auch die Linien RE6 und RB55 auf diesem Abschnitt unterbrochen. Während zwischen Neuruppin und Kremmen Ersatzbusse zum Einsatz kommen, fährt die Linie RE6 von Perleberg kommend ab Neuruppin umgeleitet über Löwenberg und Oranienburg weiterhin bis nach Berlin.
Ein Teil der zwischen Nauen und Berlin-Spandau entfallenden Regionalverkehrslinien kann auf die Bahnstrecke von Berlin-Spandau nach Dallgow-Döberitz und Wustermark umgeleitet werden. An den Stationen Wustermark, Elstal, Dallgow-Döberitz und Berlin-Staaken besteht somit ein deutlich verdichtetes Angebot für Fahrgäste aus dem Bereich Falkensee und Brieselang. Zudem kann die Kapazität der dort auch weiterhin planmäßig verkehrenden Linien RE4 und RB21 deutlich gesteigert werden.