Lewis, S. L. & Maslin, M. A. Defining the Anthropocene. Nature 519, 171–180, https://doi.org/10.1038/nature14258 (2015).
Tilman, D. et al. Future threats to biodiversity and pathways to their prevention. Nature 546, 73–81, https://doi.org/10.1038/nature22900 (2017).
Dornelas, M. et al. Looking back on biodiversity change: lessons for the road ahead. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 378, 20220199, https://doi.org/10.1098/rstb.2022.0199 (2023).
Mihoub, J.-B. et al. Setting temporal baselines for biodiversity: the limits of available monitoring data for capturing the full impact of anthropogenic pressures. Sci Rep 7, 41591, https://doi.org/10.1038/srep41591 (2017).
Svenning, J.-C., Kerr, M. R., Mungi, N. A., Ordonez, A. & Riede, F. Defining the Anthropocene as a geological epoch captures human impacts’ triphasic nature to empower science and action. One Earth 7, 1678–1681, https://doi.org/10.1016/j.oneear.2024.08.004 (2024).
Papworth, S. K., Rist, J., Coad, L. & Milner-Gulland, E. J. Evidence for shifting baseline syndrome in conservation. Conservation Letters 2, 93–100, https://doi.org/10.1111/j.1755-263X.2009.00049.x (2009).
Magurran, A. E. et al. Long-term datasets in biodiversity research and monitoring: assessing change in ecological communities through time. Trends in Ecology & Evolution 25, 574–582, https://doi.org/10.1016/j.tree.2010.06.016 (2010).
MacDougall, A. S. et al. Comparison of the distribution and phenology of Arctic Mountain plants between the early 20th and 21st centuries. Global Change Biology 27, 5070–5083, https://doi.org/10.1111/gcb.15767 (2021).
Morueta-Holme, N. et al. Strong upslope shifts in Chimborazo’s vegetation over two centuries since Humboldt. Proceedings of the National Academy of Sciences 112, 12741–12745, https://doi.org/10.1073/pnas.1509938112 (2015).
Jandt, U. et al. More losses than gains during one century of plant biodiversity change in Germany. Nature 611, 512–518, https://doi.org/10.1038/s41586-022-05320-w (2022).
Blowes, S. A. et al. The geography of biodiversity change in marine and terrestrial assemblages. Science 366, 339–345, https://doi.org/10.1126/science.aaw1620 (2019).
Blowes, S. A. et al. Synthesis reveals approximately balanced biotic differentiation and homogenization. Science Advances 10, eadj9395, https://doi.org/10.1126/sciadv.adj9395 (2024).
Staude, I. R. et al. Directional turnover towards larger-ranged plants over time and across habitats. Ecology Letters 25, 466–482, https://doi.org/10.1111/ele.13937 (2022).
Ostenfeldt, C. H. The Distribution within Denmark of the Higher Plants. Results of the Topographic-Botanical Investigation. I. A Brief Historical Survey of the Investigation. Kongelige Danske Videnskabernes Selskabs Skrifter – Naturvidenskabelig og Mathematisk Afdeling, 9. Rk. 3, 1–19 (1931).
Pedersen, H. Æ. Tidligere inventering og kortlægning af den danske flora. in Atlas Flora Danica vol. 1. Baggrund, metode og analyse 135–150 (Gyldendal, 2015).
Jessen, K. Oversigt over Karplanternes Udbredelse i Danmark. Botanisk Tidsskrift 39, 137-216 (1926).
Jessen, K. The Distribution within Denmark of the Higher Plants. Results of the Topographic-Botanical Investigation. II. The Distribution of the Papilionaceæ within Denmark. Kongelige Danske Videnskabernes Selskabs Skrifter – Naturvidenskabelig og Mathematisk Afdeling, 9. Rk. 3, 1–19 (1931).
Vestergaard, P., Hansen, K. & Society, D. B. Opera Botanica: Distribution of vascscular plants 1989. 96/Peter Vestergaard and Kjeld Hansen. (Peter Vestergaard et Kjeld Hansen. Copenhagen, 1989).
Wind, P. & Pihl, S. Den danske rødliste 2019. Aarhus Universitet, DCE – Nationalt Center for Miljø og Energi (2019).
Hartvig, P. & Vestergaard, P. Atlas Flora Danica. (Gyldendal, København, 2015).
Hansen, K. Dansk feltflora. (Gyldendal Boghandel Nordisk Forlag, Copenhagen, 1981).
Schindelin, J. et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods 9, 676–682, https://doi.org/10.1038/nmeth.2019 (2012).
Christiansen, D. M. Code for From paper to pixels – Digitized maps of vascular plant species distributions in Denmark in the early 20th century. https://doi.org/10.5281/zenodo.17600480.
QGIS Development Team. QGIS Geographic Information System (2023).
R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. https://www.R-project.org/ (2024).
Warnes, G. R., Bolker, B., Lumley, T. & Warnes, M. G. R. Package ‘gtools’. R Package version Version 3.9.5, 1–52. https://github.com/r-gregmisc/gtools (2023).
O’Brien, J. gdalUtilities: Wrappers for “GDAL” Utilities Executables. R package version 1.2.5 https://CRAN.R-project.org/package=gdalUtilities (2023).
Christiansen, D. M. et al. Digitized maps of vascular plant species distributions in Denmark in the early 20th century. Figshare. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.30609671.
Python Software Foundation. Python Language Reference, version 3.12. Available at http://www.python.org.
He, K., Zhang, X., Ren, S. & Sun, J. Deep Residual Learning for Image Recognition. in 2016 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR) 770–778. https://doi.org/10.1109/CVPR.2016.90 (2016).
Paszke, A. et al. PyTorch: an imperative style, high-performance deep learning library. In Advances in Neural Information Processing Systems 32 (eds Wallach, H. M. et al.) 8026–8037 (ACM, 2019).
Marre, G. et al. Deep convolutional neural networks to monitor coralligenous reefs: Operationalizing biodiversity and ecological assessment. Ecological Informatics 59, 101110, https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2020.101110 (2020).
Baek, J.-W., Kim, J.-I. & Kim, C.-B. Deep learning-based image classification of turtles imported into Korea. Sci Rep 13, 21677, https://doi.org/10.1038/s41598-023-49022-3 (2023).
Willi, M. et al. Identifying animal species in camera trap images using deep learning and citizen science. Methods in Ecology and Evolution 10, 80–91, https://doi.org/10.1111/2041-210X.13099 (2019).
Colding-Jørgensen, C. T., Ejrnæs, R., Svenning, J.-C. & Bruun, H. H. A graduated nativeness definition for overcoming dilemmas and difficulties of vascular plant species. Oikos 2026, e11635, https://doi.org/10.1002/oik.11635 (2026).
Euro+Med 2006+ [continuously updated]: Euro+Med PlantBase – the information resource for Euro-Mediterranean plant diversity. (2025).
The WFO Plant List | World Flora Online. https://wfoplantlist.org/ (2025).
Boyle, B. et al. The taxonomic name resolution service: an online tool for automated standardization of plant names. BMC Bioinformatics 14, 16, https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-16 (2013).
Oredsson, A. Frekvensskattning som en funktion av närvaro och frånvaro. Svensk Botanisk Tidskrift 75, 109–113 (1981).
Hill, M. O. Local frequency as a key to interpreting species occurrence data when recording effort is not known. Methods in Ecology and Evolution 3, 195–205, https://doi.org/10.1111/j.2041-210X.2011.00146.x (2012).
Jessen, K. Liliiflorernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 1. Botanisk Tidsskrift 43, 71–132 (1935).
Sørensen, T. Primulaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 2. Botanisk Tidsskrift 43, 133–172 (1935).
Böcher, T. W. Udbredelse af Ericaceae, Vacciniaceae og Empetraceae i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 3. Botanisk Tidsskrift 44, 5–35 (1937).
Wiinstedt, K. Juncaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 4. Botanisk Tidsskrift 44, 41–125 (1937).
Grøntved, J. Polygonaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 5. Botanisk Tidsskrift 45, 10–58 (1939).
Køie, A. Hypericaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 6. Botanisk Tidsskrift 45, 59–72 (1939).
Køie, A. & Køie, M. Udbredelsen af Geraniaceæ, Araceæ, Lemnaceæ og Droseraceæ i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 7. Botanisk Tidsskrift 45, 73–107 (1939).
Wiinstedt, K. Hieraciumarternes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 8. Botanisk Tidsskrift 45, 101–129 (1939).
Wiinstedt, K. Cyperaceernes Udbredelse i Danmark. I. Scirpoideae. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 9. Botanisk Tidsskrift 47, 3–64 (1943).
Mikkelsen, V. M. Udbredelse af Juncaginaceae, Alismataceae og Hydrocharitaceae i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 10. Botanisk Tidsskrift 47, 65–93 (1943).
Hoff, M. Crassulaceernes og Saxifragaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 11. Botanisk Tidsskrift 47, 95–121 (1943).
Andersen, A. Pyrolaceernes og Plumbaginaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 12. Botanisk Tidsskrift 47, 123–142 (1943).
Wiinstedt, K. Cyperaceernes Udbredelse i Danmark. II. Caricoideae. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 13. Botanisk Tidsskrift 47, 143–244 (1945).
Hansen, A. Campanulaceernes og Lobeliaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 14. Botanisk Tidsskrift 47, 245–276 (1948).
Grøntved, J. Orchideernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 15. Botanisk Tidsskrift 47, 277–370 (1948).
Egholm, B. Umbelliferernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 16. Botanisk Tidsskrift 47, 373–480 (1951).
Hansen, A. Udbredelsen af Caprifoliaceae, Adoxaceae, Dipsacaceae og Cucurbitaceae i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 17. Botanisk Tidsskrift 47, 481–509 (1951).
Wiinstedt, K. Pteridophyternes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 18. Botanisk Tidsskrift 49, 305–388 (1953).
Rasmussen, S. M. Euphorbiaceernes, Malvaceernes og Violaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 20. Botanisk Tidsskrift 50, 239–278 (1954).
Grøntved, J. Typhaceernes og Sparganiaceernes Udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 19. Botanisk Tidsskrift 50, 209–238 (1954).
Pedersen, A. Rubiaceernes, Polygalaceernes, Linaceernes, Oxalidaceernes og Balsaminaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 21. Botanisk Tidsskrift 53, 139–196 (1956).
Larsen, K. Ranunculaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 22. Botanisk Tidsskrift 53, 197–252 (1956).
Pedersen, A. Cruciferernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 23. Botanisk Tidsskrift 54, 191–304 (1958).
Hansen, A. Gentianaceernes, Menyathaceernes, Asclepiadaceernes og Apocynaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 24. Botanisk Tidsskrift 54, 305–332 (1958).
Pedersen, A. Caryophyllaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 25. Botanisk Tidsskrift 55, 157–267 (1959).
Hansen, A. Plantaginaceernes og Lentibulariaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 26. Botanisk Tidsskrift 56, 1–35 (1960).
Larsen, K. & Pedersen, A. Papaveraceernes, Fumariaceernes, Nymphaeaceernes, Ceratophyllaceernes, Elatinaceernes, Halorrhagidaceernes, Hippuridaceernes og Lythraceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 27. Botanisk Tidsskrift 56, 37–86 (1960).
Pedersen, A. Kurvblomsternes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 28. Botanisk Tidsskrift 57, 81–289 (1961).
Pedersen, A. Scrophulariaceernes og Orobanchaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 29. Botanisk Tidsskrift 59, 1–140 (1963).
Hansen, A. Convolvulaceernes, Cuscutaceernes, Hydrophyllaceernes, Polemoniaceernes og Solanaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 30. Botanisk Tidsskrift 59, 141–176 (1963).
Rasmussen, S. M. Boraginaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 31. Botanisk Tidsskrift 60, 261–315 (1965).
Pedersen, A. Rosaceernes udbredelse i Danmark, I. Underfamilierne Spiraeoideae, Dryadoideae og Rosoideae eksklusive Rubus fruticosus coll., Rubus caesius coll. og Rubus corylifolius coll. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 32. Botanisk Tidsskrift 61, 145–270 (1965).
Pedersen, A. Cannabaceernes, Urticaceernes, Santalaceernes, Aristolochiaceernes, Resedaceernes og Cistaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 33. Botanisk Tidsskrift 62, 85–122 (1966).
Pedersen, A. Callitrichaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 34. Botanisk Tidsskrift 62, 123–145 (1966).
Hansen, A. & Pedersen, A. Chenopodiaceernes og Amaranthaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 35. Botanisk Tidsskrift 63, 205–288 (1968).
Ødum, S. Udbredelsen af træer og buske i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 36. Botanisk Tidsskrift 64, 1–118 (1968).
Pedersen, A. Labiaternes og Verbenaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 37. Botanisk Tidsskrift 64, 285–379 (1969).
Jensen, N. Oenotheraceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 38. Botanisk Tidsskrift 66, 137–170 (1971).
Pedersen, A. Gramineernes udbredelse i Danmark. Spontane og naturaliserede arter. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 39a. Botanisk Tidsskrift 68, 177–343 (1974).
Pedersen, A. Najadaceernes, Potomogetonaceernes, Ruppiaceernes, Zannichelliaceernes og Zosteraceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 40. Botanisk Tidsskrift 70, 203–262 (1976).
Hansen, A. & Pedersen, A. Portulacaceernes og Valerianaceernes udbredelse i Danmark. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 41. Botanisk Tidsskrift 71, 57–74 (1976).
Pedersen, A. Rosaceernes udbredelse i Danmark, II. Subgenus Rubus Sect. Rubus, Sect. Corylifolii og Sect. Caesii. Danmarks Topografisk-Botaniske Undersøgelse nr. 42. Botanisk Tidsskrift 75, 1–50 (1980).