Erinevatel aegadel on MTÜ ja KRA-kaitseministeeriumi vahelised hõõrumised pinnale tõusnud erinevatel põhjustel, aga juurpõhjus on püsinud laias plaanis sama: eriti peale riigikaitseõpetuse teoreetilise osa kohustuslikuks muutumist on KRA prioriteet, et koolides annaksid õpetaksid riigikaitset inimesed, kel on olemas kõrgharidus ja pedagoogilised oskused.