Viljandi meditsiini ajalugu ulatub samas palju kaugemale. Heiki Raudla ja Viljandi haigla ülevaatest «Kilde Viljandi meditsiini ajaloost» selgub, et keskajal tegutses ordulinnuse juures pidalitõbila, aga kuni XVIII sajandi lõpuni Viljandis kõrgharidusega arsti polnud. Sajandite vältel tuli kohalikel toime tulla suurte haiguspuhangutega, sealhulgas katku, rõugete, süüfilise, tüüfuse ja tuberkuloosiga. XVIII sajandi keskpaigas oli Viljandis kaks haavaarsti, kuid sageli otsis rahvas abi saunameestelt ja rahvatarkadelt.