Riigikontrolli auditi järgi on Rail Balticu Eesti osa esimese etapi lõpuleviimiseks puudu vähemalt 500 miljonit eurot isegi juhul, kui Eestil õnnestub Euroopa Liidu eelarvest saada 1,2 miljardit eurot lisaraha. Kui toetus osutub väiksemaks, kasvab puudujääk veel. Juhul kui lisaraha üldse ei eraldata, ulatuks esimese etapi lõpetamiseks vajaminev summa ligikaudu 1,7 miljardi euroni. Lõplik selgus selle kohta, kui suurt rahalist toetust on võimalik saada, peaks saabuma hiljemalt 2027. aastal.
Riigikontroll toonitas sedagi, et ehituskulude kõrval tuleb raudtee valmimise järel igal aastal toetada taristu hooldust ja reisijatevedu. Arvutuste kohaselt tuleb Eestil taristuhaldaja kulusid vähemalt esimesel kolmel käitamisaastal toetada 10–15 miljoni euroga aastas.