Üks selliseid makse, mis haiglaid eriti puudutab, on riigi olulisemaid tuluallikaid – käibemaks. Selle maksu peamine eesmärk on maksustada tarbimist. Käibemaksu rakendatakse kõigile kaupadele ja teenustele. Ühest küljest rakendatakse käibemaksu lisandunud väärtuse maksuna. Teisalt arvestatakse maha kauba soetamisel või teenuse saamisel arvestatud sisendkäibemaks. Kõik on lihtne ja loogiline.
Samas aga, on kehtiva käibemaksu seaduses formuleeritud ka kaks maksustamise erijuhtumit: