Keskkonnaagentuuri juhtivspetsialisti Miina Krabbi sõnade järgi oli Eesti keskmine õhutemperatuur septembris 14,7 kraadi (norm 12,2 kraadi), mis annab üle 100aastases andmereas neljanda koha. Esikolmiku moodustavad 2024., 2023. ja 1934. aasta. Kõrgeim õhutemperatuur mõõdeti 6. septembril Valgas – 27,4 kraadi.
25. septembri öösel langes õhutemperatuur mitmes seirejaamas miinuspoolele. Kõige krõbedam oli aga kuu viimase päeva hommikul, kui Jõgeval mõõdeti madalaimaks õhutemperatuuriks kolm külmakraadi.
Septembri esimene ja viimane kolmandik möödusid väheste sademetega, peamiselt sadas kuu keskel. Eesti keskmine sademete hulk oli 45 millimeetrit (norm 58 mm), mis annab pikas andmereas kuivuselt 23. koha.
Päikest jagus pikaajalisest keskmisest enam, Eesti keskmisena 191 tundi (norm 158 tundi). Kõige päikeselisem oli Lääne-Eesti saartel, kus päikest paistis 204–227 tundi.
Äikest registreeriti 12 päeval ja pilv-maa äikeselööke oli kokku 810. Kõige äikeselisem päev oli 16. september, kui registreeriti 375 välku.
Kuu alguses kerkisid veetasemed üle Eesti keskmise. Veetasemetes esines vihmasadudest tingitud tõus kuu keskel ning tõusu tipp saabus 18.–21. septembril. Kirde-, Lõuna- ja Põhja-Eesti osas jõgedes langes ööpäeva keskmine veetemperatuur kuu viimaste päevade jooksul alla kümne kraadi, kuid Pärnu piirkonna jõgedes püsis kõrgem.
Kui 2023. ja 2024. aastal oli jõgedes septembri keskmine veetemperatuur väga kõrge, siis tänavu septembris oli see kraad-kaks jahedam. Siiski oli viimase 30 aasta võrdluses tänavune kuu keskmine veetemperatuur pigem kõrge. Näiteks Pärnu jões 15,5 kraadi (6. koht).