Olen loomu poolest skeptiline igasuguste turunduslike v\u00e4idete suhtes. Vaatasin seet\u00f5ttu ahastusega, kuidas poeriiulitelt v\u00f5is 2010. aastatest peale leida erinevaid pre- ja probiootikume, mis lubasid k\u00f5ik oma erinevate batsillidega inimeste tervist parandada. Kui suur osa taolistest v\u00e4idetest olid toona t\u00f5endusp\u00f5hised ja kas l\u00f5he avalikkuse arusaama ning tegeliku teaduse vahel on mikroobide osas sulguma hakanud?<\/p>\n
On igati aus \u00f6elda, et probiootikume puudutav turundus on tegelikest t\u00f5enditest alati pikalt ees olnud. Selles osas pole olukord aastatega paranenud mitmel struktuursel p\u00f5hjusel. Muidugi leidub piisavalt t\u00f5endeid, et mitmete n\u00e4idustuste puhul v\u00f5ivad probiootikumid inimesi t\u00f5esti aidata. Selle klassikalised n\u00e4ited on antibiootikumikuuri j\u00e4rgne k\u00f5hulahtisus ja teatud \u00e4rritunud soole s\u00fcndroomi vormid, kus konkreetsete probiootikumitoodetega on tehtud korralikke kliinilisi uuringuid.<\/p>\n Kahjuks suhtub enamik inimesi probiootikumidesse viisil, nagu oleksid nad \u00e4sja avastanud, et ka v\u00e4ike molekul v\u00f5ib t\u00f6\u00f6tada ravimina. Nende loogika alusel v\u00f5iks samah\u00e4sti \u00f6elda: “Kuulsin, et ravimid on kasulikud, ja kuna tundsin end kehvasti, l\u00e4ksin apteeki, ostsin \u00e4ra k\u00f5ik ravimid, mis v\u00e4hegi n\u00e4ppu j\u00e4id, v\u00f5tsin neid sisse suurimates v\u00f5imalikes annustes ja tunnen end n\u00fc\u00fcd suurep\u00e4raselt. Seega v\u00f5in julgelt j\u00e4reldada, et k\u00f5ik peaksid kogu aeg ravimeid s\u00f6\u00f6ma, isegi kui nad pole haiged.” K\u00f5lab absurdselt, kuid just nii hulk inimesi probiootikume tarbivad.<\/p>\n M\u00f5ni teine v\u00f5ib ka v\u00e4ita, et bakterite genoom pole mitte lihtsalt \u00e4\u00e4retult keeruline molekul, vaid tehas, mis toodab palju teisi keerulisi molekule, mist\u00f5ttu peaksime sellega m\u00e4rksa ettevaatlikumalt \u00fcmber k\u00e4ima. Kuna enamik turul olevaid probiootikumidest ei tee absoluutselt mitte midagi, on samas kahju tekkimise risk suhteliselt madal. \u00dcldiselt m\u00fc\u00fcakse seda, mis on ohutuks tunnistatud.<\/p>\n “Usun, et kui ettev\u00f5tted liiguvad toidulisandite juurest, mille puhul ei pea midagi t\u00f5estama, ravimite juurde, mis n\u00f5uavad rangeid kliinilisi uuringuid, l\u00f6\u00f6b see protsess turu paljudest kohatutest v\u00e4idetest klaariks”<\/p>\n Probleem seisneb selles, et elusate bioterapeutiliste toodete puhul on meil valida palju rohkemate mikroobide vahel. Teame, et paljud neist v\u00f5ivad teatud inimestele, n\u00e4iteksv\u00f5i rahvastikur\u00fchmadele palju kahju teha.<\/p>\n Usun aga, et kui ettev\u00f5tted hakkavad tegelema toidulisandite asemel, mille puhul ei pea midagi t\u00f5estama, ravimitega, mis n\u00f5uavad rangeid kliinilisi uuringuid, l\u00f6\u00f6b see protsess turu paljudest kohatutest v\u00e4idetest klaariks. J\u00f5uame toodeteni, mille m\u00f5ju on m\u00e4rksa suurem ja n\u00e4idustuste ring laiem, kui oleme probiootikumide puhul seni n\u00e4inud.<\/p>\n Julgen v\u00e4ita, et osaliselt oli ja on selle metsiku l\u00e4\u00e4neliku segaduse t\u00f5ttu ka teadus ise: k\u00f5igil on omad lemmik anal\u00fc\u00fcsimeetodid ja testikomplektid. Kui on aga midagi, mida teaduse puhul alahinnatakse, on see standardiseerimine. Kuidas peaksid uurijad praegu \u00fcleilmsete konsortsiumite eelsele ajale vaatama? Kas toona avaldatud t\u00f6\u00f6dest on v\u00f5imalik saada t\u00f5eliselt v\u00e4\u00e4rtuslikke teadmisi, v\u00f5i taandavad need metodoloogiliste erinevuste t\u00f5ttu olematusse?<\/p>\n K\u00f5ik s\u00f5ltub m\u00f5\u00f5detava efekti suurusest ja sellest, kui erinevates rahvastikur\u00fchmades seda n\u00e4hakse. M\u00f5nede haiguslike seisundite, n\u00e4iteks p\u00f5letikulise soolehaiguse (IBD) puhul, on signaal v\u00e4ga tugev. N\u00e4iteks n\u00e4itasime 2010. aastatel, kuidas teatud mudeliga saab eristada tervet inimest Crohni t\u00f5ve v\u00f5i haavandilise koliidiga inimestest.<\/p>\n Seda saab treenida laste peal ja see t\u00f6\u00f6tab suurep\u00e4raselt t\u00e4iskasvanutel. Seda saab treenida USA elanikkonnal ja see t\u00f6\u00f6tab h\u00e4sti Hiina populatsioonis; saame seda treenida isegi ameeriklaste peal, et otsida nende haigustega koeri. Seega on IBD puhul signaal v\u00e4ga tugev ja korratav isegi erinevate populatsioonide ja liikide \u00fcleselt.<\/p>\n Teistel puhkudel, nagu rasvumise puhul, on signaal m\u00e4rksa n\u00f5rgem. Tavaliselt leiame rasvumise signaali \u00fcles igas populatsioonis. Kuigi selliste mudelite t\u00e4psus on \u00fche r\u00fchma piires \u00fcsna hea, ei saa neid aga \u00fchelt populatsioonilt teisele \u00fcle kanda. M\u00f5ned on p\u00f5hjendanud seda metodoloogiliste erinevustega, kuid ma ei arva, et see t\u00f5ele vastab.<\/p>\n N\u00e4iteks L\u00f5una-Hiina uuringus, mille tegime koos Yan He ja Hang Li Zhaoga, kasutasime erinevates L\u00f5una-Hiina linnades t\u00e4pselt samasuguseid meetodeid. Avastasime, et paljude haigustega seotud seoste puhul \u2013 isegi kui tegemist on linnadega, kus kasutati samu meetodeid ja uuriti samu hani hiinlasi \u2013 ei t\u00f6\u00f6tanud esimeses linnas ehitatud mudel teises linnas. Samade mikroobide p\u00f5hjal, millega sai eristada \u00fches linnas terveid ja haigeid, oli v\u00f5imalik teha vahet esimese ja teise linna tervete inimeste vahel.<\/p>\n “\u00dcldistusv\u00f5imet pakkuvate mudelite jaoks ei piisa pelgalt suurest osalejate arvust. See valik peab olema piisavalt mitmekesine ja h\u00f5lmama geograafilisi, aga ka etnilisi ja rassilisi erinevusi. Selle olulisust kiputakse alahindama.”<\/p>\n \u00dcldistusv\u00f5imet pakkuvate mudelite jaoks ei piisa pelgalt suurest osalejate arvust. See valik peab olema piisavalt mitmekesine ja h\u00f5lmama geograafilisi, aga ka etnilisi ja rassilisi erinevusi. Selle olulisust kiputakse alahindama. M\u00e4letate ehk lugu \u00fchest USA rassistlikust seebidosaatorist? Atlantas asuvas Marriott hotelli \u00fcks mustanahaline konverentsik\u00fclastaja v\u00e4ga n\u00f6rdinud, sest see keeldus talle seepi andmast. P\u00f5hjus oli selles, et infrapunaanduri disaininud insenerid testisid seda ainult valgel nahal. V\u00e4ljaspool seda referentsvahemikku ei t\u00f6\u00f6tanud see \u00fcldse.<\/p>\n Mikrobioomi-, aga ka genoomiuuringutes, kus luuakse pol\u00fcgeenset riskiskoori, on see risk t\u00e4pselt samasugune risk. Kui proovite seda rakendada inimestel, kes ei kuulu teie treeningvalimisse, on selle toimimine v\u00e4ga k\u00fcsitav. \u00dcha enam m\u00f5istetakse, et riikliku tasandi algatused, nagu kasv\u00f5i Eesti geenivaramu, on \u00e4\u00e4rmiselt olulised, et taolisi \u00fcldisi mudeleid iga riigi puhul peenh\u00e4\u00e4lestada. Samuti tuleb arvestada, kas j\u00f5uate k\u00f5igi nende inimesteni, keda on vaja kaasata, et mudel laieneks \u00f5iglaselt kogu teie elanikkonnale.<\/p>\n Peaksime seet\u00f5ttu ka ilmselt k\u00fcsima, mida meil paljude t\u00f6\u00f6de j\u00e4reldusi koondavatest metaanal\u00fc\u00fcsidest \u00fcldse \u00f5ppida on, kui tahame liikuda rohkem t\u00e4ppismeditsiini suunas, mis arvestab inimeste erip\u00e4radega.<\/p>\n Just. Ja ka see, kuidas te metaanal\u00fc\u00fcsi teete, muudab j\u00e4reldusi. Toon \u00fche n\u00e4itena \u00fcllatuse, mis tabas meid koostades andmebaasi Greengenes2, mis koondab mikroorganismide DNA-d ja aitab meil neid liigitada. Aastate jooksul on kasutatud mikroobide tuvastamiseks erinevaid meetodeid.<\/p>\n Vana meetodiga (16S) loeti proovidest \u00fchte evolutsiooniliselt v\u00e4he muutunud geeni 16S rRNA geenij\u00e4rjestust, mis toimib justkui mikroobi nimesildina.\u00a0 Uus meetod (haavel-metagenoomika) laseb kogu genoomi kildudeks ja proovib selle siis uuesti kokku laduda. Lisaks sellele, et teame, millise mikroorganismiga tegu on, saame seda ka kohe t\u00e4psemalt kirjeldada.<\/p>\n Kui inimesed proovisid nende kahe meetodi andmeid \u00fchendada, avastasid nad, et need asuvad justkui erinevates universumites. V\u00f5tad t\u00e4pselt sama proovi, uurid seda m\u00f5lemal viisil ja saad tulemuseks andmepunktid, mis teineteisest t\u00e4ielikult lahknevad.<\/p>\n Uurijad ajasid n\u00e4htud lahknevusi aastaid laboris tehtud vigade ja p\u00e4rilikkusaine paljundamise s\u00fc\u00fcks. Avastasime, et asi polnudki laborites. Teadlased ei osanud lihtsalt pikki t\u00e4isgenoome ja l\u00fchikesi nimesilte \u00fchele ja samale sugupuule paigutada. Ehitasime seet\u00f5ttu t\u00e4isgenoomidest \u00fche tugeva referents-selgroo ja istutasime l\u00fchikesed nimesildid j\u00e4rjest sinna vahele. Kui me seda tegime, paigutusid eri viisidel t\u00f6\u00f6deldud proovid t\u00e4pselt samasse kohta.<\/p>\n Usun, et ka paljusid teisi taolisi probleeme saab lahendada bioinformaatika vallas tehtavate edusammudega, n\u00e4iteks kaasates sobivaid tausts\u00fcsteeme ja v\u00f5ttes kasutusele teisi kompositsiooniteadlikke tehnikaid. N\u00e4iteks ajakirjas Nature Neuroscience ilmunud ja minu endise doktorandi Jamie Mortoni juhitud mikrobioomi ning autismiteemalises artiklis suutsime n\u00e4idata, et pealtn\u00e4ha erinevaid tulemusi erinevatest uuringutest saab \u00f5ige arvutusliku t\u00f6\u00f6tlusega p\u00e4\u00e4sta.<\/p>\n Minu arvates on seega ennatlik j\u00e4reldada, nagu ei suudaks eri uuringute andmeid kunagi \u00fchildada. T\u00e4pselt samamoodi on aga v\u00f5imalik teha anal\u00fc\u00fcse viisil, mis muudavad iga uuringu erinevaks, unikaalseks ja \u00fchildamatuks. See pole aga kuigi m\u00f5istlik.<\/p>\n Teaduse eluj\u00f5ud peitub selle isepuhastumisv\u00f5imes: 2024. aastal v\u00f5ttis ajakiri Nature ametlikult tagasi teie kaast\u00f6\u00f6l 2020. aastal valminud uuringu v\u00e4hi mikrobioomi kohta. Mis toona t\u00e4pselt juhtus ning mida saavad sellest teadlased ise ja avalikkus \u00f5ppida? Kui isegi tipplaborid v\u00f5ivad valede algandmete t\u00f5ttu eksiteele sattuda, mida saavad teha lihtsurelikud?<\/p>\n Laiem avalikkus ei pruugi teadlik olla, kui suurel m\u00e4\u00e4ral on teadus sotsiaalne protsess. See, kas artikkel teaduskirjandusse vastu v\u00f5etakse ja sinna j\u00e4\u00e4b, s\u00f5ltub v\u00e4ikese arvu eksperthindajate arvamusest. Kirjanduskriitikas eksisteerib m\u00f5iste “autori surm”, kus ei loe mitte autori kavatsus, vaid see, mida otsustavad lugejad. See kehtis suuresti ka selle artikli kordushindamise protsessi kohta p\u00e4rast seda, kui esitati nn mureavaldus (expression of concern).<\/p>\n Meie vaatevinklist esitlesime mudelit, mis suutis mikroobsete signaalide p\u00f5hjal eristada erinevaid v\u00e4hit\u00fc\u00fcpe, ja seda isegi inim-DNA taustam\u00fcra foonil. Uute hindajate, kes polnud artiklit algselt lugenud, mure kordushindamisel seisnes selles, kas me suudame t\u00e4pselt \u00f6elda, millised mikroobid igas proovis olid. Me polnud aga kunagi v\u00e4itnud, et me seda suudame.<\/p>\n “Laiem avalikkus ei pruugi teadlik olla, on see, kui suurel m\u00e4\u00e4ral on teadus sotsiaalne protsess. See, kas artikkel teaduskirjandusse vastu v\u00f5etakse ja sinna j\u00e4\u00e4b, s\u00f5ltub v\u00e4ikese arvu eksperthindajate arvamusest.”<\/p>\n Sama h\u00e4sti v\u00f5iksite arendada masin\u00f5ppemudelit, mis suudab v\u00e4ga suure t\u00e4psusega eristada kassipilte koerapiltidest. \u00dchel hetkel on k\u00f5ik sellega n\u00f5us, millel see t\u00e4pselt p\u00f5hineb. Hiljem n\u00f5utakse aga iga piksli puhul, et t\u00f5estaksite, kas konkreetne piksel on osa kassist v\u00f5i koerast. Me ei suutnud seda teha ja polnud seda ka kunagi v\u00e4itnud. K\u00f5ige selle tulemusena n\u00f5uti t\u00f6\u00f6 tagasiv\u00f5tmist.<\/p>\n Ent isegi meie kriitikud, kes toona mureavalduse protsessi algatasid, on n\u00fc\u00fcd omaenda madala tundlikkusega meetodeid kasutades leidnud, kuidas paljud v\u00e4hit\u00fc\u00fcbid, milles nende arvates kindlasti mikroobe polnud, neid tegelikult siiski sisaldavad. V\u00f5iksime n\u00fc\u00fcd k\u00fcsida, millest kogu see k\u00e4ra \u00fcldse alguse sai.<\/p>\n Teadlastena on meil aga v\u00e4ga oluline, et me eelretsenseerimise protsessi siiski j\u00e4rgiksime. See sarnaneb Winston Churchilli \u00fctlusele demokraatia kohta: see on halvim v\u00f5imalik poliitiline s\u00fcsteem, v\u00e4lja arvatud k\u00f5ik teised, mida on proovitud. Eksperthinnangutega on samamoodi, ka eksperdid teevad vigu. V\u00f5ime vaid loota, et need vead on l\u00f5puks iseparanduvad, nii artiklite teaduslikust registrist eemaldamise kui ka m\u00f5nel juhul nende hilisema ennistamise n\u00e4ol.<\/p>\n Kui vaadata teisi avastusi, n\u00e4iteks eksoplaneete, on peetud sealgi v\u00e4ga palju lahinguid selle \u00fcle, kes mida esimesena avastas. Mitmed v\u00e4ga m\u00fcrased signaalid, mida esitleti t\u00f5endina eksoplaneedi olemasolust, ei pidanud ajaproovile vastu. T\u00e4na ei eita aga keegi eksoplaneetide olemasolu, meil on isegi nende atmosf\u00e4\u00e4ridest k\u00f5rge resolutsiooniga spektrid jne.<\/p>\n Arvan, et kui vaataksime sellele k\u00f5igele 100 aasta p\u00e4rast tagasi, ei eita keegi, et kasvajates on palju mikroobe. T\u00e4psete \u00fcksikasjade \u00fcle, nagu millised need mikroobid on, milline on nende roll kantserogeneesi protsessis ja kes saab nende avastuste eest au, vaieldakse aga edasi, nagu n\u00e4eme seda ka paljudes teistes teadusvaldkondades.<\/p>\n Seega peaksid olema lugejad olema pealkirjade suhtes, mida nad loevad, m\u00f5nev\u00f5rra ettevaatlikud ja v\u00f5tma neid pigem suunana, kuhu valdkond liigub, mitte absoluutse t\u00f5ena.<\/p>\n Minu arusaam pealkirjade panemise protsessist on see, et neid ei pane mitte ajakirjanik, vaid toimetaja. P\u00f5him\u00f5tteliselt ei tea kunagi ette, kas pealkiri artikli sisule vastab. Nii nagu on ajakirjanduslik artikkel \u2013 see, kuidas see v\u00e4lja n\u00e4eb, kuidas see on k\u00fcljendatud ja mille k\u00f5rval see asub \u2013 sotsiaalne protsess, on seda ka teadusartikkel, kohati palju enam, kui me sooviksime.<\/p>\n Olete andmet\u00f6\u00f6tluse edasiarendusena loonud platvormi QIIME2, mis v\u00f5imaldab kr\u00fcptograafiliselt j\u00e4lgida, milliseid t\u00e4pseid muudatusi teadlased andmeid t\u00f6\u00f6deldes teevad ja metaandmeid kasutavad. Kuidas avalda-v\u00f5i-h\u00e4vi kultuuriga niigi kimpus olevad teaduskirjastajad sellise platvormi vastu v\u00f5tsid? Kas on mingi kindel p\u00f5hjus, miks ei v\u00f5iks n\u00f5uda nad l\u00e4bipaistvuse huvides taoliste platvormide kasutamist k\u00f5igilt teadlastelt, kes oma uuringuid avaldada soovivad?<\/p>\n Tunnustusest ja autorlusest r\u00e4\u00e4kides tuleb esile t\u00f5sta neid, kes seda v\u00e4\u00e4rivad: QIIME2 p\u00e4ritolus\u00fcsteemi arendas v\u00e4lja Greg Caporas, kes oli minu laboris v\u00e4ga andekas j\u00e4reldoktor, kuid on juba pikka aega tegutsenud iseseisva \u00f5ppej\u00f5una P\u00f5hja-Arizona \u00fclikoolis.<\/p>\n QIIME2 s\u00fcsteem on v\u00e4ga nutikas ja, nagu te t\u00e4pselt \u00fctlete, v\u00f5imaldab t\u00f6\u00f6voogu \u00fcdini korrata. Meie 2020. aasta uuringu kriitikud suutsid oma etteheiteid suunata nii t\u00f5husalt just seet\u00f5ttu, et avaldasime t\u00e4ieliku algandmestiku, mis v\u00f5imaldas k\u00f5iki meetodeid korrata ja andmeid uusi anal\u00fc\u00fcsida. Soovin, et sellist t\u00f6\u00f6voo taasesitamist n\u00f5uaks iga kirjastaja.<\/p>\n Arendame praegu uut s\u00fcsteemi nimega Mint (Microbiome Intelligence). See platvorm v\u00f5imaldab j\u00e4lgida iga otsuse tagap\u00f5hja sarnasel viisil, kuid talletab andmeid formaadis, mis v\u00f5imaldavad teha p\u00e4ringuid palju suurematest andmestikest viisil, et selleks saaks kasutada tehisaru. P\u00fc\u00fcdleme alati selle poole, et meil oleks v\u00f5imalik viidata avalikult k\u00e4ttesaadavale andmestikule, anal\u00fc\u00fcsida seda avalikult k\u00e4ttesaadava koodiga ja taastoota k\u00f5ik peamised tulemused: k\u00f5ik olulised joonised ja artikli numbrilised tulemused.<\/p>\n See v\u00f5tab praegu tohutult palju aega. Doktorante ja j\u00e4reldoktoreid on v\u00e4ga raske veenda, et nad sellele aega kulutaksid, selmet kirjutada uut artiklit. Kui ajakirjad seda n\u00f5uaksid, nagu on hakatud n\u00f5udma toorj\u00e4rjestuse andmete talletamist, oleks see teaduse reprodutseeritavuse seisukohalt v\u00e4ga hea kogu teadusele ja \u00fchiskonnale tervikuna.<\/p>\n M\u00e4letan isiklikust kogemusest, et kui \u00f5ppisin kraadi\u00f5ppurina tarkvara kirjutama, oli mu l\u00f5put\u00f6\u00f6 jaoks tehtud anal\u00fc\u00fcside eri versioonid tehtud erineva k\u00e4sitsi muudetud koodiga. Mitte mingit versioonihaldust! Olen kindel, et seal on vigu, mida ma poleks teinud, kui oleksin tollal teadnud seda, mida praegu tarkvaratehnika ja korratava teaduse kohta tean.<\/p>\n Kui teeme asju algusest peale \u00f5igesti, s\u00e4\u00e4stame l\u00f5puks aega ja saame tulemustes kindel olla. Teisalt on v\u00e4ga raske kulutada seda aega t\u00f6\u00f6 arvelt, mida peate oma p\u00e4ris t\u00f6\u00f6ks \u2013 andmete ja tulemuste tootmiseks, et teha midagi, mis tundub peaaegu koristajat\u00f6\u00f6na: veendumiseks, et k\u00f5ik on puhas ja korras.<\/p>\n See toob meid tagasi selle juurde, mida \u00fctlesite metaanal\u00fc\u00fcside kohta. Peame eristama neid kombineeritud anal\u00fc\u00fcsidest, kus paneme k\u00f5ik andmed \u00fchte anal\u00fc\u00fcsi kokku. See on aga v\u00e4ga raske, sest tehniliste muutujate m\u00f5ju suurus peab olema otsitavate bioloogiliste efektide omast palju v\u00e4iksem. Metaanal\u00fc\u00fcsi puhul anal\u00fc\u00fcsime aga igat andmestikku eraldi ja k\u00fcsime: “Kas ma n\u00e4en igas andmestikus eraldi sama asja?”<\/p>\n M\u00f5lema l\u00e4henemise puhul on tulemuste korratavuseks h\u00e4davajalik omada nii andmeid kui ka metaandmeid \u2013 kontekstuaalset informatsiooni v\u00e4ljaspool sekveneerimisandmeid, n\u00e4iteks v\u00f5etud proovi, indiviidi, asukoha ja uuringu kohta. Kahjuks kirjutavad paljud inimesed endiselt eetikareeglitesse, et kogu see kontekstuaalne informatsioon peab j\u00e4\u00e4ma igavesti varjatuks.<\/p>\n “Isiklikult tundub v\u00e4ga halva avaliku raha kasutusena eraldada teaduse tegemiseks miljardeid eurosid, kui anal\u00fc\u00fcse saab teha vaid \u00fche korra andmeid kogunud t\u00f6\u00f6r\u00fchm, kuid keegi teine ei saa seda t\u00e4pselt kontrollida ega korrata, ja neid ei saa lisada suuremamahulistesse anal\u00fc\u00fcsidesse.”<\/p>\n Olemuslikult ei saa sellistel alustel p\u00f5hinevat uuringut kunagi korrata. Isiklikult tundub v\u00e4ga halva avaliku raha kasutusena eraldada teaduse tegemiseks miljardeid eurosid, kui anal\u00fc\u00fcse saab teha vaid \u00fche korra andmeid kogunud t\u00f6\u00f6r\u00fchm, kuid keegi teine ei saa seda t\u00e4pselt kontrollida ega korrata, ja neid ei saa lisada suuremamahulistesse anal\u00fc\u00fcsidesse.<\/p>\n Eetilised kaalutlused on muidugi v\u00e4ga olulised. Praegu tehakse tehisintellekti vallas v\u00e4ga palju t\u00f6\u00f6d nn null-usalduse (zero-trust) meetodite kallal. Kui rakendaksime samu p\u00f5him\u00f5tted arstiteaduses, aitaks see ilmselt v\u00e4ga h\u00e4sti tasakaalustada privaatsust ja inimesi \u00f5igusi puudutavaid k\u00fcsimusi\u00a0 vajadusega tagada, et andmete kogumiseks ja anal\u00fc\u00fcsiks tehtud kulutused suudavad end \u00f5igustada.<\/p>\n R\u00e4\u00e4gime n\u00fc\u00fcd vahelduseks tulemustest, mis n\u00e4itavad, kuidas mikrobioom m\u00f5jutab meie elu ja tegemisi s\u00fcnnist surmani. Rady lastehaiglas tehtud m\u00f5jukas uuringus n\u00e4itasite seost astmahaigete emade ja nende lastes areneva mikrobioomi vahel. Selles uuringus avastasite, et mikrobioom muudab viisi, kuidas redutseeritakse linoolhappet, mis j\u00e4tab omakorda j\u00e4lje laste immuuns\u00fcsteemi arengule.<\/p>\n Miks keskendusid teadlased valdavalt mikrobioomi liigilise koosseisu m\u00e4\u00e4ramisele, selmet vaadata, mida need mikroobid seal reaalselt teevad? Kas mikrobioomi liigilist koosseisu on \u00fcldse m\u00f5tet uurida, kui samal ajal ei panda kirja, mis nende elutegevuse k\u00e4igus tekib ehk metaboliite?<\/p>\n Usun, et suur osa teadlastest tahakski vaadata ise eelk\u00f5ige taolisi metaboliite. \u00dche v\u00f5imalusena uuritakse v\u00f5imalust j\u00e4rjestada metagenoomikaga proovides leiduv p\u00e4rilikkusaine ja viia see kokku sellega, mida need geenid teevad. Senised katsed ennustada nende p\u00f5hjal metaboliitide olemasolu ei ole olnud aga kuigi edukad. Minu teada pole \u00f5nnestunud geenide ja isegi k\u00f5igi nende j\u00e4rjestuste loendamisel p\u00f5hjal ennustada \u00fcheski \u00f6kos\u00fcsteemis, olgu selleks inimese soolestik, muld v\u00f5i vesi, mis \u00fchendeid sealt t\u00e4pselt leiab.<\/p>\n Metaproteoomika, millega vaatame keskkonnas leiduvaid valke, on aga endiselt v\u00e4ga kallis ja keeruline, eriti kui teha seda uusimate instrumentidega, nagu Thermo Astral. P\u00f5him\u00f5ttelise erinevusena l\u00e4ksime nn s\u00f5ltuvast andmekogumisest \u00fcle s\u00f5ltumatule andmekogumisele. Esimesel juhul hindab masin k\u00f5igepealt, millised on keskkonna k\u00f5ige valjemad signaalid ja vaatab p\u00f5hjalikumalt ainult neid. Teisel juhul j\u00e4\u00e4dvustab masin absoluutselt k\u00f5ik keskkonnas leiduvad signaalid, ka need valgud, mida leidub seal v\u00e4ga v\u00e4he.<\/p>\n P\u00f5him\u00f5tteliselt keerab see k\u00f5ik olemasolevad meetodid pea peale, sest andmeid on n\u00fc\u00fcd 100 korda rohkem ja algoritmid on ruutv\u00f5rdelised. Teisis\u00f5nu tuleb teha 10 000 korda rohkem arvutusi. Masinal, mis oleks saanud sellega varem hakkama \u00fche p\u00e4evaga, kuluks selleks 10 000 p\u00e4eva ehk umbes 30 aastat. Kuidas \u00fcks doktorant niimoodi \u00fcldse oma kraadi kaitsta saaks? Seega on vaja meetodeid arendada.\u00a0<\/p>\n Parim viis oleks teha keemilisi m\u00f5\u00f5tmisi otseselt massispektromeetria abil, mis muutub \u00fcha k\u00e4ttesaadavamaks ja annab huvitamaid tulemusi. Oleme proovinud taksonoomia ehk n-\u00f6 nimesiltide p\u00f5hjal ennustada, milleks erinevad mikroorganismid v\u00f5imelised on ehk mis \u00fclesandeid nende ens\u00fc\u00fcmid t\u00e4idavad. Umbes 15 aastat tagasi lasime v\u00e4lja tarkvara nimega PICRUSt, mis k\u00f5rvutab selleks proovis leiduvaid mikroobe juba andmebaasis olevatega.<\/p>\n See ei t\u00e4henda automaatselt, et suudame ennustada metaboliitide profiile ehk seda, milliseid keemilisi aineid mikroobid parasjagu reaalajas lammutavad v\u00f5i toodavad. V\u00e4idan, et seda tuleks m\u00f5\u00f5ta, ja me teemegi seda igas uuringus, milleks \u00f5nnestub meil rahastus leida.<\/p>\n Kui see k\u00f5ik on nii tohutult kallis ja keerukas, mis see lahendus siinkohal on? Peame tunnistama, et \u00fche v\u00e4ikese t\u00f6\u00f6r\u00fchmaga polegi enam v\u00f5imalik midagi suurt \u00e4ra teha ja vaja on veel rohkem suuri konsortsiume, kui tahame, et k\u00f5ik saaks h\u00e4sti \u00e4ra tehtud?<\/p>\n Jah, t\u00e4pselt nii. Probleem on selles, et me ei saa neid t\u00e4iendavaid andmekihte lisada viisil, millega saaks hakkama iga\u00fcks, kes v\u00e4hegi statistikat jagab. Piltlikult \u00f6eldes ei t\u00e4ida me lihtsalt t\u00fchje Exceli lahtreid. Kui teatud s\u00fcgavamaid erialalisi teadmisi napib, v\u00f5ib andmet\u00f6\u00f6tluses v\u00e4ga palju asju valesti minna.<\/p>\n Kui doktorant v\u00f5i j\u00e4reldoktor uurib aasta aega mikrobioomi, aasta metaboloomi, aasta metaproteoomi, aasta DNA met\u00fc\u00fclimist, aasta histoonide modifikatsioone ja veel aasta inimese genoomi, ning needki numbrid on ilmselt tugevalt alahinnatud, kuhjub aastaid omajagu. Lisaks j\u00e4\u00e4b siin pildilt v\u00e4lja aeg, mille noorteadlane iga \u00fcksiku meetodi selgeks \u00f5ppimiseks kulutab.<\/p>\n Kuna enamike teadusprojektide eelarvel on kindel lagi ees, pead mitme bioloogilise kihi korraga kaardistamisel paratamatult proovide arvu k\u00e4rpima. Proovide arvu kukkudes jookseb uuring aga statistilisest v\u00f5imsusest t\u00fchjaks. L\u00fchidalt: see on paras peavalu.<\/p>\n Suur osa t\u00f6\u00f6st, mida me minu laboris teeme, keskendub praegu DNA-kihi j\u00e4rjest odavamaks muutmisele. Selle tulemusel saaksime keevitada selle projektide k\u00fclge, mille m\u00f5ne teise kihi jaoks juba rahastus olemas. Teadlastel on tihti k\u00e4sil m\u00f5ni lennukas projekt, millele annaks mikrobioomi kaasamine teemale t\u00e4iesti uue m\u00f5\u00f5tme. P\u00f5rkume aga tihti probleemiga, kuida testida selle m\u00f5ttekust alguses j\u00f5ukohasel tasemel, et k\u00fcsida siis paljulubavate esmatulemuste tuules raha asja s\u00fcvitsi uurimiseks.<\/p>\n Mulle meeldib siinkohal tuua paralleeli kunstist. Oletame, et oled maalikunstnik ja klient tellib sinult portree. Kas haarad kohe esimese asjana \u00f5liv\u00e4rvide j\u00e4rele? Ilmselt mitte. Tulemuseks oleks lihtsalt \u00fcks v\u00e4ga vilets maal. Esmalt pead sa tegema terve hulga visandeid, et panna paika modelli poos, sobiv vaatenurk ja teda \u00fcmbritsev taust.\u00a0<\/p>\n Enamik teadlasi kipub praegu mikrobioomi uurides haarama kohe \u00f5liv\u00e4rvide j\u00e4rele. See on ropult kallis l\u00f5bu. Pead saatma kogu materjali majast v\u00e4lja laborisse, kus selle l\u00e4bi hekseldamiseks kulub mitmeid kuid. Kuna kogu protsess neelab nii palju aega ja raha, on sul \u00f5nnestumiseks t\u00e4pselt \u00fcks lask. Mis iganes andmed sulle l\u00f5puks vastu vaatavad, pead nendega leppima ja t\u00f6\u00f6 nende p\u00f5hjal avaldama.<\/p>\n Olemegi seep\u00e4rast v\u00f5tnud sihikule mikrobioomi visandi idee. M\u00f5tle, kui saaksid sadadest proovidest esmase pildi ette k\u00f5igest 24 tunniga ja suudaksid kohe hinnata: kas taustaloogika klapib ja kas ma k\u00fcsin \u00fcldse \u00f5iget k\u00fcsimust? Oleme selle jaoks loonud eritellimusel tehtud v\u00e4ikesed v\u00f6\u00f6tkoodiga tuubid, mille sees olev etanool s\u00e4ilitab DNA ja metaboliite. Idee on selles, et saame v\u00f5tta kaks karpi selliseid proove, mida on kokku umbes 200, ja ammutada neist \u00fche \u00f6\u00f6ga madala resolutsiooniga andmeid, mille p\u00f5hjal otsustada, kas minna uuringutega s\u00fcvitsi v\u00f5i mitte.<\/p>\n Kui suudame muuta selle visandiprotsessi t\u00f5eliselt kiireks ja odavaks, saame \u00f5ige k\u00fcsimuse k\u00fcsimiseks palju rohkem v\u00f5imalusi. Peame v\u00f5tma t\u00e4psemad, kuid \u00e4\u00e4retult aeglased ja kallid meetodid, nagu pika lugemisega metagenoomika v\u00f5i metaproteoomika, appi alles p\u00e4rast seda etappi.<\/p>\n Teie 2023. aasta uuring kummutas m\u00fc\u00fcdi, et autistlike laste erisugune mikrobioom tuleneb lihtsalt nende kitsast toiduvalikust, ja t\u00f5estas, et soolebakterid m\u00f5jutavad otseselt aju geenide aktiivsust. Kui lootusrikkad v\u00f5iksid vanemad olla, et mikrobioomi vahendusel v\u00f5ib olla \u00fchel p\u00e4eval v\u00f5imalik nende laste autismispektri s\u00fcmptomeid leevendada. Kui juba ainu\u00fcksi selle seose lahtim\u00f5testamiseks vajalik matemaatika on tohutult keerukas, kui palju keerukam on m\u00f5jutada veel soolestiku-aju ennast? Inimkeha on mitmetahuline ja pidevalt muutuv s\u00fcsteem.<\/p>\n Meie koost\u00f6\u00f6partner Sarkis Mazmanian on hiirte emade immuunaktivatsiooni mudelis n\u00e4idanud, kuidas emashiire immuuns\u00fcsteemi aktiveerudes tekivad hiirepoegadel paljud inimese autismi meenutavad s\u00fcmptomid.\u00a0 Otseloomulikult pole \u00fckski loomamudel t\u00e4iuslik.<\/p>\n Sarkis suutis aga n\u00e4idata, et kui sa oled \u00fcks neist hiirepoegadest, on v\u00f5imalik paljusid autismi tunnuseid, sealhulgas vaimseid puuduj\u00e4\u00e4ke, tagasi p\u00f6\u00f6rata. Selleks tuleb v\u00f5tta haigustunnusteta hiire soolestikust p\u00e4rit probiootikum ja v\u00e4hendada 4EPS-nimelise molekuli hulka, millel on hiirtel sellele fenot\u00fc\u00fcbile suur m\u00f5ju<\/p>\n Kas see t\u00e4hendab, et see toimiks ka inimeste puhul? Ei ja sellep\u00e4rast peamegi tegema kliinilisi uuringuid inimestel! Sisuliselt on meil praegu paljulubav hiiri h\u00f5lmav prekliiniline t\u00f6\u00f6. Tavaliselt kulub alates bioloogilise mehhanismi avastamisest v\u00e4ikese molekuli v\u00f5i antikeha ravimina turule j\u00f5udmiseni umbes 15\u201320 aastat. Praegustesse mikrobioomi ja autismi uuringutesse tuleks suhtuda seega kui paljulubavasse uude suunda bioloogia m\u00f5istmisel, kuid selle uurimiskategooria kliinilise rakendamiseni on veel v\u00e4ga pikk aeg<\/p>\n Lapsi toetavate toitumisteraapiate vallas leidub aga \u00fcksjagu ideid, mis paistavad teatud laster\u00fchmade peal t\u00f6\u00f6tavat. Erinevalt t\u00e4iesti uuest ravimi toimeainest, millele heakskiidu saamine v\u00f5tab mitmeid aastaid, annaks toetav diagnostika v\u00f5imaluse tegutseda palju kiiremini. See aitaks autismi eri t\u00fc\u00fcpidesse lahterdada ja valida patsiendile juba turul olevate raviv\u00f5imaluste seast t\u00e4pselt \u00f5ige.<\/p>\n USA-s pole me aga suutnud selle suuna uurimiseks piisavalt raha leida. Arvan, et tugeva tervishoius\u00fcsteemiga riigid, nagu Singapur ja miks mitte ka Eesti, suudaksid palju edukamalt keskenduda just sellisele patsientide r\u00fchmadesse jagamisele. Nii saaks toetavat diagnostikat ja k\u00e4ttesaadavaid raviv\u00f5imalusi k\u00e4iku lasta m\u00e4rksa kiiremas tempos.<\/p>\n “Loomadega tehtavad eelkliinilised uuringud aitavad k\u00fcll leida bioloogilise vooluringi \u00fcksikuid juppe, aga ei \u00fctle meile, kus asub see l\u00fcliti inimese kehas.”<\/p>\n Ausalt \u00f6eldes sellist l\u00e4henemist toetavaid uuringud aga praegu polegi. Seni valminud teadust\u00f6\u00f6 on ravimit\u00f6\u00f6stusele kasu alles 15\u201320 aasta pikkuses vaates. Kuigi need tulemused tunduvad sama paljulubavad kui mistahes muu eelkliiniline t\u00f6\u00f6, selgub nende tegelik v\u00e4\u00e4rtus alles kauges tulevikus. Tuues kergemini m\u00f5istetava paralleeli: loomadega tehtavad eelkliinilised uuringud aitavad k\u00fcll leida bioloogilise vooluringi \u00fcksikuid juppe, aga ei \u00fctle meile, kus asub see l\u00fcliti inimese kehas.<\/p>\n M\u00e4letame ilmselt leptiinisaagat. Kui v\u00f5tad \u00fche paksu hiire \u2013 ja pole absoluutselt vahet, kas ta l\u00e4ks paksuks halva toitumise, geenide v\u00f5i h\u00fcpotalamuse kahjustuste t\u00f5ttu, v\u00f5tab ta leptiinis\u00fcsti peale kaalus alla. See tekitas teadlastes tohutut elevust ja lootust, et leptiinis\u00fcstid aitavad ka inimestel saleneda. Tuleb v\u00e4lja, et aitavadki. Seda aga ainult siis, kui oled see \u00fcks inimene k\u00fcmne tuhande seast, kelle \u00fclekaalu taga on puhtakujuline leptiinipuudus. \u00dclej\u00e4\u00e4nute peal ei toimi see \u00fcldse.<\/p>\n Investorid matsid miljardeid dollareid n\u00e4riliste jaoks olulisse l\u00fclitisse, mis on k\u00fcll ka inimeste bioloogilise vooluringi osa, kuid ei t\u00e4ida inimkehas taolist l\u00fcliti rolli. J\u00f5udsime p\u00e4riselt toimiva sekkumiseni alles GLP-1 ravimitega, mis\u00a0 sihivad vooluringi t\u00e4iesti teist osa. T\u00e4pselt sama ettevaatlikult tuleb suhtuda hiirtel tehtavatesse autismikatsetesse. See, kui leiad hiirest bioloogilise l\u00fcliti, ei t\u00e4henda veel, et inimese ravimiseks peaks sihikule v\u00f5tma t\u00e4pselt sama vooluringi osa.<\/p>\n Suuremad mikrobioomiuuringud on lisaks paljastanud, et saame r\u00e4\u00e4kida mikrobioomi vanusest. Vananedes hakkab mikrobioom h\u00e4\u00e4buma, muutub d\u00fcsbiootiliseks ja kipub tekitama kroonilist p\u00f5letikku. Mil m\u00e4\u00e4ral me seda mikrobioomi muuta saame ja seda teha proovitakse? Kasv\u00f5i R\u00e4niorus leidub hulgim miljard\u00e4re, kes k\u00fchveldavad raha vananemisvastastesse ravidesse ja \u00fcritavad s\u00fcsteemi ka selle nurga alt lahti muukida.<\/p>\n T\u00e4pselt seda vastust olemegi otsinud: milline vahe tekib \u00fcldist vanust ennustades andmepunkti tegeliku v\u00e4\u00e4rtuse ja mudeli ennustatud v\u00e4\u00e4rtuse vahel (j\u00e4\u00e4kliikmed). Selgub, et masin\u00f5ppe mitmem\u00f5\u00f5tmeliste meetodeid kasutades on see paras p\u00e4hkel. Juhumetsade (random forests) abil saad sa k\u00fcll k\u00f5verat sobitada ja teada \u00fcldise veam\u00e4\u00e4ra, aga j\u00e4\u00e4kliikmete suund ei jaotu sugugi nii, nagu sa tahaksid. Nii j\u00f5uadki t\u00e4iesti ebaloogiliste tulemusteni, kus metodoloogilistel p\u00f5hjustel seostatakse v\u00e4hki hoopis noorema mikrobioomiga.<\/p>\n P\u00f5hiiva peitub selles, et tegu pole tavalise lineaarse regressiooniga, kus teed mudeli valmis, vaatad tegelike ja mudeli ennustatud v\u00e4\u00e4rtuste vahet ja v\u00f5tad lihtsalt kasutusse selle, mis annab v\u00e4iksema vea. Oleme murdnud kolleegidega pead, kuidas panna mudelis mikrobioomi nullvanus klappima inimese kronoloogilise nullvanusega. Saaksime sel viisil v\u00e4ltida absurdseid tulemusi, kus inimene s\u00fcnnib 20-aastase mikrobioomiga.<\/p>\n Usume, et samad probleemid kummitavad ka muid mitmem\u00f5\u00f5tmelisi andmestikke, mida teadlased t\u00f5lgendavad ehk m\u00e4rksa v\u00e4hem kriitiliselt kui meie oma mikrobioomi uuringuid. Asja tuum on selles, et mudel v\u00f5ib ennustada meile, milline noor mikrobioom v\u00e4lja n\u00e4eb, kuid see ei t\u00e4henda, et suudame sealt v\u00e4lja noppida need tegurid, mis inimese mikrobioomi p\u00e4riselt nooreks muudavad.<\/p>\n “Teadlased on p\u00f6\u00f6ranud tohutult t\u00e4helepanu saja-aastaste inimeste mikrobioomidele. H\u00e4da on selles, et saja-aastaseks elades ei pruugi olla\u00a0sinu mikrobioom enam sugugi heas seisus.”<\/p>\n Teadlased on p\u00f6\u00f6ranud tohutult t\u00e4helepanu saja-aastaste inimeste mikrobioomidele. H\u00e4da on selles, et saja-aastaseks elades ei pruugi olla\u00a0 sinu mikrobioom enam sugugi heas seisus. Ilmselt lokkab seal rohkelt proteobaktereid ja n\u00e4eb muid p\u00f5letikku soodustavaid signaale. Teadlased on teinud isegi katseid, kus v\u00f5tavad vanad ja noored hiired ning siirdavad noore mikrobioomi vanale ja vana oma noorele. Kui siirdad vana mikrobioomi noorele hiirele, kiirendad sa tema vananemist.<\/p>\n Seega ei tahaks sa kohe kindlasti, et keegi siirdaks sulle praegu saja-aastase inimese mikrobioomi. Seda v\u00f5iksid ihata sa mandunud mikrobioomi korral alles saja-aastaselt, aga kindlasti mitte 60- v\u00f5i 80-aastaselt.<\/p>\n Kui ma end noorendada sooviksin, eelistaksin seda igal juhul noorte vere \u00fclekandele.<\/p>\n Jah\u2026 viitad ilmselt \u00fchele meie k\u00f5ige v\u00e4hem armastatud Uus-Meremaa kodanikule. Selle uurimissuunaga kaasnevad m\u00f5istagi t\u00f5sised eetilised mured, aga eks lugeja saab ise j\u00e4reldada, milliseid lahendusi me peaksime \u00fchiskonnana soosima. V\u00f5in n\u00e4iteks \u00fcsna julgelt v\u00e4ita, et puhtalt toitumises tehtud muutustel on tegelikult tohutu m\u00f5ju.<\/p>\n Rahvastiku tasandil kipuvad teadlased neid sageli tagasihoidlikeks pidama, aga v\u00f5ime vaadata kasv\u00f5i soomlaste edulugu s\u00fcdame-veresoonkonna tervise parandamisel \u2013 aastak\u00fcmnete l\u00f5ikes on olnud muutus lausa drastiline. V\u00f5ta n\u00fc\u00fcd selle k\u00f5rvale vastupidine n\u00e4ide Okinawa saarelt. Nende maguskartulil p\u00f5hinev traditsiooniline toidulaud kukkus kokku ja asendus l\u00e4\u00e4neliku toiduga, mille tulemusel langesid nad Jaapani pikaealisemate inimeste edetablei tipust m\u00e4rkimisv\u00e4\u00e4rselt l\u00fchikese ajaga otse alla keskmise.<\/p>\n Toidulaua m\u00f5jud saavad olla seega rahvastiku tasandil p\u00e4ris suured, aga \u00fcksikisiku tasandil on need hiiglaslikud.<\/p>\n Suur osa meie praegusest mikrobioomi uurimise t\u00f6\u00f6st kulubki just nende individuaalsete erinevuste tagamaade otsimisele. Selle asemel, et jagada sulle sama \u00fcmmargust n\u00f5u, mida andis ilmselt juba su vanaema, n\u00e4iteks, et s\u00f6\u00f6 t\u00e4isteratooteid ja k\u00f6\u00f6givilju ning v\u00e4ldi maiustusi, suudaksime anda tulevikus v\u00e4ga t\u00e4pseid soovitusi. N\u00e4iteks v\u00f5iksime soovitada sul s\u00fc\u00fca tavalist kartulit, aga v\u00e4ltida maguskartulit, v\u00f5i vastupidi, sest inimeste organismid on lihtsalt erinevad.<\/p>\n “Idufirmad sulle praegu m\u00fc\u00fca enamasti m\u00fc\u00fca paljast potentsiaali, mitte seda, mida teadusringkond on reaalselt juba t\u00f5estanud. Ma \u00fctlen seda teades, et paljud need samad firmad viitavad agaralt just minu avaldatud teadusartiklitele.”<\/p>\n Aja jooksul avaldab see sinu isiklikule tervisele massiivset m\u00f5ju ja minu hinnangul k\u00e4tkeb see suund endas tohutult potentsiaali. Samas p\u00fc\u00fcavad idufirmad sulle praegu enamasti m\u00fc\u00fca paljast potentsiaali, mitte seda, mida teadusringkond on reaalselt juba t\u00f5estanud. Ma \u00fctlen seda teades, et paljud need samad firmad viitavad agaralt just minu avaldatud teadusartiklitele.<\/p>\n See, mida minu artiklid nende turundusmaterjalide v\u00e4itel teha v\u00f5imaldavad, erineb kardinaalselt sellest, mida need minu enda hinnangul tegelikult j\u00e4reldada lubavad. Ja kuna ma ise need kirjutasin, j\u00f5uame selle vana hea “autori surma” juurde tagasi.<\/p>\n Tajun teatavat dihhotoomiat. \u00dchest k\u00fcljest on meil andmeid rohkem kui kunagi varem, n\u00e4iliselt piisavalt, et neisse uppida. Olete kasv\u00f5i Maa mikrobioomi projekti raames sekveneerinud \u00fcle 2,2 miljardi mikroobi DNA j\u00e4rjestuse. Mikrobiaalse tumeaine ulatusega arvestades tundub see aga piisk meres. Kui hea \u00fcldpilt meil \u00fcle\u00fcldse meie \u00fcmber olevast n\u00e4htamatust maailmast \u00fcle\u00fcldse on?<\/p>\n Avaldasime 2,2 miljardit j\u00e4rjestust lahkava t\u00f6\u00f6 juba 2017. aastal ja oleme neid praeguseks kogunud kindlasti oluliselt rohkem. Oma hilisemas, 2022. aastal ilmunud artiklis laiendasime uuringut shotgun-metagenoomikale ja metaboloomikale ning seal on uusi andmeid veelgi enam.\u00a0<\/p>\n Murrame praegu pead selle kallal, kas saame kasutada tehisintellekti algselt kogutud madala resolutsiooniga 16S-andmete kvaliteedi parandamiseks, et saada sama k\u00f5rge resolutsiooniga andmed, nagu t\u00e4nap\u00e4eva meetoditega. V\u00f5rdlusmomendi loomiseks saame v\u00f5tta praegu pikseldatud ja kriimulise vana foto ning muuta see pildi skaleerimise abil ilusaks ja teravaks v\u00f5i seda isegi animeeria. M\u00f5lemal juhul teevad t\u00f6\u00f6d sama perekonna konvolutsioonilised mudelid; me ei rakenda neid lihtsalt piksliruudustikul, vaid evolutsioonipuul.<\/p>\n Meile avaneb n\u00fc\u00fcd meie endi kehade kui ka kogu planeedi l\u00f5ikesp\u00e4ris hea pilt mikrobioomi suuremast struktuurist: millised on peamised liigid, keskkondade p\u00f5hikategooriad ja nendevahelised variatsioonid.<\/p>\n N\u00e4iteks inimese mikrobioomi projektis \u00fcllatas teadlasi korralikult see, kui erinevad on mikrobioomid sama inimese eri kehaosades, olgugi et need k\u00f5ik on mingil moel omavahel \u00fchendatud. Sinu suu ja soolestik on ju lihtsalt \u00fche ja sama toru kaks otsa, ja sa katsud pidevalt oma nahka ja suud.<\/p>\n Fakt, et need kooslused eristuvad niiv\u00f5rd tugevalt ning inimese kehaosade vahelised erinevused on kordades suuremad kui erinevused inimeste endi vahel, l\u00f5i meid pahviks. P\u00f5hjus on lihtne: keegi polnud varem uurinud neid eri kehapiirkondi sama valimi peal ja t\u00e4pselt samade meetoditega.<\/p>\n Samamoodi on meil n\u00fc\u00fcd laias laastus selge, et Maa mikrobioomide suurim l\u00f5he jookseb peremeesorganismiga seotud ja vabalt elavate koosluste vahelt. Vabalt elavate koosluste puhul haigutab omakorda s\u00fcgav kuristik soolaste ja magedate keskkondade koosluste vahel. Sealt edasi avaneb \u00fcksikasjalikum pilt, kus konkreetseid kooslusi t\u00fc\u00fcrivad erinevad j\u00f5ud. N\u00e4iteks mullas dikteerib k\u00f5ike pH tase, merevees aga aastaaeg \u2013 kuigi sealgi segunevad need veel terve hulga muude teguritega, mida teadlased praegu alles lahti harutavad.<\/p>\n Me ei tea aga veel p\u00e4ris h\u00e4sti, kuidas see k\u00f5ik detailselt v\u00e4lja n\u00e4eb ning mida need mikroobid t\u00e4psemalt teevad. Usun, et pelgalt p\u00e4rilikkusainet j\u00e4rjestades ei saa me neid k\u00f5iki vastuseid mitte kunagi ja seep\u00e4rast peamegi kaasama k\u00f5iki neid teisi oomika-tehnikaid. Nii raske kui ka mikrobioomi uurimine tervishoius poleks, on see keskkonnas veel kordades keerulisem, sest selle valdkonna rahastus on mikroskoopiline.<\/p>\n Arutleme oma laboris pidevalt selle \u00fcle, millised tehnikad k\u00fcll olemas on, aga mis on nii kallid, et jaksad anal\u00fc\u00fcsida vaid \u00fchte tehnoloogiat demonstreeriva proovi. Saad neid kasutada ainult \u00fclikallite proovide, n\u00e4iteks v\u00e4hihaigete puhul. Seej\u00e4rel vaatame, millised meetodid on piisavalt odavad, et kasutada neid individuaalses meditsiinis, millised sobivad juba loomaarstidele ning mis on odavnenud sedav\u00f5rd palju, et neid saab rakendada \u00fcleilmses tervishoius v\u00f5i keskkonnauuringutes.<\/p>\n On eluliselt t\u00e4htis, et suudaksime muuta seda tehnoloogiapinu odavamaks. Ainult nii suudame vastata k\u00fcsimustele, millel on \u00fchiskonnale hiiglaslik m\u00f5ju, aga mille eest \u00fchiskond ei raatsi maksta nii, nagu maksab v\u00e4hihaige omaenda tervise p\u00e4\u00e4stmise eest.<\/p>\n Euroopas ega Eestis pole need prioriteedid kuigipalju teistsugused.<\/p>\n![](\"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-content\/uploads\/2026\/09\/3783019he2fft24.jpg\"\/)
San Diegos asuva California \u00dclikooli pediaatria, bioinseneriteaduste ja arvutiteaduse professor Rob Knight. Autor\/allikas: Airika Harrik\/ERR<\/p>\n![](\"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-content\/uploads\/2026\/09\/3783022hd90et24.jpg\"\/)
San Diegos asuva California \u00dclikooli pediaatria, bioinseneriteaduste ja arvutiteaduse professor Rob Knight. Autor\/allikas: Airika Harrik\/ERR<\/p>\n![](\"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-content\/uploads\/2026\/09\/3783004h6a94t24.jpg\"\/)
San Diegos asuva California \u00dclikooli pediaatria, bioinseneriteaduste ja arvutiteaduse professor Rob Knight. Autor\/allikas: Airika Harrik\/ERR<\/p>\n![](\"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-content\/uploads\/2026\/09\/3782989h2380t24.jpg\"\/)
San Diegos asuva California \u00dclikooli pediaatria, bioinseneriteaduste ja arvutiteaduse professor Rob Knight. Autor\/allikas: Airika Harrik\/ERR<\/p>\n
![](\"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-content\/uploads\/2026\/09\/3783016h472at24.jpg\"\/)
San Diegos asuva California \u00dclikooli pediaatria, bioinseneriteaduste ja arvutiteaduse professor Rob Knight. Autor\/allikas: Airika Harrik\/ERR<\/p>\n![](\"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-content\/uploads\/2026\/09\/3782995hfa2et24.jpg\"\/)
San Diegos asuva California \u00dclikooli pediaatria, bioinseneriteaduste ja arvutiteaduse professor Rob Knight. Autor\/allikas: Airika Harrik\/ERR<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Viis m\u00f5tet Rob Knightilt Pre- ja probiootikumide turg meenutab endiselt metsikut l\u00e4\u00e4nt. Kuigi probiootikumidest on t\u00f5endatult kasu mitmete…\n","protected":false},"author":2,"featured_media":265510,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":"","_share_on_mastodon":"0"},"categories":[14],"tags":[131,103069,103066,70583,130,37,33,35,59447,34,36,103065,6527,103070,53714,15644,103067,23392,373,19762,103068],"class_list":["post-265509","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","category-ari","tag-ari","tag-autismi-ravi","tag-avatud-teadus","tag-bioinformaatika","tag-business","tag-ee","tag-eesti","tag-eesti-keel","tag-ennetav-meditsiin","tag-estonia","tag-estonian","tag-geenifoorum","tag-mikrobioom","tag-mikrobioomi-vanus","tag-prebiootikumid","tag-probiootikumid","tag-rob-knight","tag-tappismeditsiin","tag-tehisintellekt","tag-toitumissoovitused","tag-vahimikrobioom"],"share_on_mastodon":{"url":"https:\/\/pubeurope.com\/@ee\/117194687563819251","error":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/265509","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=265509"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/265509\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/media\/265510"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=265509"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=265509"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.europesays.com\/ee\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=265509"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}