Los técnicos medioambientales han mejorado su geomorfología, además de crear dos islas artificiales fijas, mediante la aportación de tierras del río Tajo, y una flotante que permite aumentar la biodiversidad. Asimismo, se ha realizado un dragado parcial de un apéndice de la laguna para dejar aguas someras; mejorado las infraestructuras de uso público mediante una nueva señalización interpretativa y rehabilitado dos observatorios de aves. También se han colocado cajas-nido para especies como el cárabo común o la cerceta pardilla, y retirado residuos y de combustibles secos.
El Gobierno madrileño invertirá 11 millones de euros la mejora de humedales y hábitats en diez años, incluidas en el Plan de Actuación de Humedales Catalogados. Desde su aprobación en 2020, se han destinado a cinco a las Canteras de Alpedrete, El Campillo en Rivas o la mejora de láminas de agua de San Juan en Chinchón, entre otros.
La Laguna de Soto de las Cuevas se localiza en la subcuenca del Jarama y forma parte del Parque Regional del Sureste. Está incluida en la Zona de Especial Protección para las Aves Cortados y cantiles de los ríos Jarama y Manzanares, y en la Zona de Especial Conservación Vegas, cuestas y páramos del Sureste de Madrid, dentro de la Red Natura 2000. Asimismo, forma parte del Catálogo de Embalses y Humedales de la Comunidad de Madrid y del Inventario Nacional de Zonas Húmedas.
El origen de esta laguna data de las actividades mineras desarrolladas en la segunda mitad del siglo XX. La extracción de arenas y gravas para la construcción afectó a sus orillas, así como a la fauna y flora del entorno. Con este proyecto no solo se ha mejorado la biodiversidad, sino también se han sumado hectáreas naturales al medio ambiente.