Han sido contadas las ocasiones en que el retablo, de unos 120 kilogramos de peso, ha sido retirado de su lugar habitual en el altar de San Miguel. En tal sólo dos ocasiones anteriores a que fuese necesario retirar la carcasa que lo recubre, con motivo de un estudio en profundidad en 2016, ha cruzado el umbral de la entrada del santuario de manera oficial. Sucedió el 11 de enero de 2006 como parte de la exposición La edad de un Reyno en Pamplona, que se centró en la figura de Sancho el Mayor. El traslado, bajo unas estrictas medidas de seguridad, y su devolución antes del 8 de mayo de ese año, fue considerado un acontecimiento histórico, comparable al ocurrido en 1765 para practicar una restauración.
Cierto es que hubo una tercera ocasión en que el altar quedó desprovisto de uno de sus iconos. Fue en la noche del 25 al 26 de octubre de 1979 con un robo, perpetrado por Erik El Belga. Supuso el mayor hurto de arte cometido en Navarra. El santuario recuperó el grueso en 1991.
Hoy día son visibles las secuelas de la sustracción: faltan más de 100 piedras preciosas, tres arcos y dos medallones y un esmalte.
EL ROBO DE ERIK EL BELGA
René Alphonse Van Der Berghe, más conocido como Erik El belga, coordinó la sustracción. Acto seguido, la Institución Príncipe de Viana elaboró en 1980 un dossier documental con varias fotografías del retablo y con información. Se repartió por la Interpol en las oficinas policiales de 20 países. La policía francesa encontró en marzo de 1981 un total de 20 piezas del retablo. En julio de ese mismo año, una operación conjunta, en la que intervino la policía italiana, posibilitó recuperar las piezas más importantes. Fueron detenidos varios miembros del llamado clan de los marselleses. Aquel episodio cobra actualidad tras el robo perpetrado días atrás en el Museo de Louvre, en París. No alcanza las dimensiones, pero Navarra sufrió una sustracción más propia de un guion de película pero, que por desgracia, fue tal real como el sobresalto que provocó.