La Clínica Universidad de Navarra, en su sede de Navarra, está acreditada por la Joint Commission International (JCI) desde el año 2004 y primer centro en España en obtener la acreditación de la JCI para Hospitales Universitarios, en el año 2014.
En el año 2023 hemos sido reacreditados por séptima vez consecutiva y en 2024 se ha acreditado la sede de Madrid.