Les chiens ont accompagn\u00e9 les humains depuis des mill\u00e9naires, mais leur pr\u00e9sence en Am\u00e9rique centrale et du Sud est bien plus r\u00e9cente qu\u2019au nord du continent. Aur\u00e9lie Manin, charg\u00e9e de recherche en arch\u00e9ologie, arch\u00e9ozoologie et pal\u00e9og\u00e9nomique au CNRS revient sur leur p\u00e9riple.<\/p>\n
Parmi tous les animaux \u00e9lev\u00e9s et domestiqu\u00e9s par l\u2019humain, le chien est celui avec lequel nous partageons la plus longue relation, avec des indices de soins et d\u2019inhumation volontaire remontant au moins \u00e0 14.000 ans<\/a>. Mais s\u2019il existe un lien av\u00e9r\u00e9 entre les soci\u00e9t\u00e9s de chasseurs-cueilleurs du d\u00e9but de l\u2019Holoc\u00e8ne, il y a moins de 12.000 ans, et les chiens dans de nombreuses r\u00e9gions du monde, il en est d\u2019autres o\u00f9 ils arrivent bien plus tard.<\/p>\n<\/p>\n C\u2019est le cas notamment de l\u2019Am\u00e9rique centrale et de l\u2019Am\u00e9rique du Sud, o\u00f9 les plus anciens squelettes de chiens ne datent que d\u2019il y a 5.000 \u00e0\u00a05.500 ans<\/a>. Or on trouve d\u00e9j\u00e0 des chiens en Am\u00e9rique du Nord il y a pr\u00e8s de 10.000 ans en Alaska<\/a> et plus de\u00a08.000 ans dans l\u2019Illinois<\/a>. Pourquoi observe-t-on un tel d\u00e9calage\u00a0? C\u2019est pour aborder cette question que notre \u00e9quipe internationale et interdisciplinaire, rassemblant des arch\u00e9ozoologues, des arch\u00e9ologues et des pal\u00e9og\u00e9n\u00e9ticiens, a rassembl\u00e9 des restes de chiens arch\u00e9ologiques pour analyser les lign\u00e9es repr\u00e9sent\u00e9es et leurs dynamiques. Nous venons de publier nos r\u00e9sultats dans la revue scientifique Proceedings of the Royal Society B\u00a0: Biological Science<\/a>.<\/p>\n Nous avons mis en \u00e9vidence une diversification g\u00e9n\u00e9tique des chiens il y a environ 7.000 \u00e0\u00a05.000 ans, qui correspond au d\u00e9veloppement de l\u2019agriculture et aux transferts de plantes entre les diff\u00e9rentes r\u00e9gions, en particulier le ma\u00efs.<\/p>\n D\u2019autre part, nos travaux montrent que les lign\u00e9es pr\u00e9sentes aujourd\u2019hui en Am\u00e9rique sont pour l\u2019essentiel tr\u00e8s diff\u00e9rentes de celles qui \u00e9taient pr\u00e9sentes avant la colonisation europ\u00e9enne, il y a cinq cents ans. Ces derni\u00e8res descendent de chiens venant d\u2019Europe<\/a>, d\u2019Asie ou d\u2019Afrique<\/a>, apport\u00e9s par le commerce transoc\u00e9anique. Ce n\u2019est que chez certains chihuahuas que l\u2019on retrouve la trace d\u2019un lien direct avec les chiens du Mexique ancien.<\/p>\n Une quarantaine de sites arch\u00e9ologiques analys\u00e9s<\/p>\n Avec le d\u00e9veloppement des analyses pal\u00e9og\u00e9n\u00e9tiques (l\u2019analyse de l\u2019ADN ancien), aborder les questionnements arch\u00e9ologiques demande d\u2019associer des chercheurs aux profils vari\u00e9s et c\u2019est ce que notre projet de recherche a permis. Pour \u00e9tudier l\u2019origine et les dynamiques des populations de chiens en Am\u00e9rique centrale et du Sud, il nous a fallu identifier et rassembler des squelettes issus de 44 sites arch\u00e9ologiques, qui s\u2019\u00e9tendent du centre du Mexique au nord de l\u2019Argentine.<\/p>\n Nous avons travaill\u00e9 sur des fouilles r\u00e9centes, nous permettant d\u2019avoir un maximum d\u2019informations sur les contextes d\u2019o\u00f9 venaient les chiens, mais aussi sur la r\u00e9analyse de collections anciennes dans lesquelles des restes de canid\u00e9s avaient \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9s. Confirmer l\u2019identification de ces chiens a \u00e9galement \u00e9t\u00e9 un d\u00e9fi\u00a0: en Am\u00e9rique du Sud en particulier, il existe de nombreux canid\u00e9s dont la taille et la morphologie sont proches de celles du chien\u00a0: renards, loup \u00e0 crini\u00e8re, chien des buissons\u2026 Il s\u2019agit d\u2019ailleurs d\u2019animaux qui ont pu \u00eatre proches des groupes humains, jusqu\u2019\u00e0 \u00eatre inhum\u00e9s<\/a>. C\u2019est donc l\u2019utilisation d\u2019analyses morphologiques fines qui nous ont permis de s\u00e9lectionner les os et les dents analys\u00e9s. Nous avons extrait l\u2019ADN de 123 chiens (dont les poils de 12 chiens modernes, pour nous servir de r\u00e9f\u00e9rentiels) dans des laboratoires sp\u00e9cialis\u00e9s en France, au Mus\u00e9um national d\u2019histoire naturelle, et au Royaume-Uni<\/a>, \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 d\u2019Oxford.<\/p>\n Le s\u00e9quen\u00e7age de cet ADN s\u2019est fait en deux \u00e9tapes. Nous avons d\u2019abord \u00e9tudi\u00e9 l\u2019ensemble des fragments d\u2019ADN disponibles qui nous ont permis de confirmer qu\u2019il s\u2019agissait bien de chiens et pas d\u2019autres canid\u00e9s sauvages. Les crit\u00e8res morphologiques que nous avions utilis\u00e9s sont donc confirm\u00e9s. Mais, dans la plupart des cas, le g\u00e9nome de ces chiens n\u2019\u00e9tait pas assez bien couvert par le s\u00e9quen\u00e7age pour en dire plus\u00a0: il s\u2019agit d\u2019une des cons\u00e9quences de la d\u00e9gradation de l\u2019ADN, \u00e0 la mort d\u2019un individu, qui se fragmente intens\u00e9ment et, comme un puzzle aux pi\u00e8ces minuscules, il devient difficile de reconstituer un g\u00e9nome complet.<\/p>\n Quand l\u2019ADN mitochondrial r\u00e9v\u00e8le ses secrets<\/p>\n Dans un second temps, nous avons r\u00e9alis\u00e9 une capture de l\u2019ADN mitochondrial pour filtrer les fragments d\u2019ADN contenus dans les \u00e9chantillons et garder pr\u00e9f\u00e9rentiellement ceux qui se rapportent au g\u00e9nome mitochondrial. En effet, il existe deux sortes d\u2019ADN dans les cellules\u00a0: l\u2019ADN nucl\u00e9aire, contenu dans le noyau de chaque cellule, qui provient pour moiti\u00e9 du p\u00e8re et pour moiti\u00e9 de la m\u00e8re de chaque chien\u00a0; et l\u2019ADN mitochondrial, contenu dans les mitochondries de chaque cellule, et qui, au moment de la f\u00e9condation, font partie l\u2019ovule. C\u2019est donc un ADN transmis exclusivement par la m\u00e8re de chaque chien. Or l\u2019ADN mitochondrial est tr\u00e8s court (un peu moins de 17.000 paires de bases, contre 2,5\u00a0milliards de paires de bases pour l\u2019ADN nucl\u00e9aire du chien) et il est pr\u00e9sent en multiples exemplaires dans chaque mitochondrie. C\u2019est donc un ADN plus facile d\u2019acc\u00e8s pour la pal\u00e9og\u00e9nomique.<\/p>\n Notre dossier Animaux<\/a><\/p>\n Nous avons obtenu suffisamment de fragments d\u2019ADN mitochondrial pour reconstituer les lign\u00e9es maternelles de 70 individus (8 chiens modernes et 62 chiens arch\u00e9ologiques) et les analyser au moyen d\u2019outils phylog\u00e9n\u00e9tiques, c\u2019est-\u00e0-dire permettant de reconstituer les liens de parent\u00e9 entre les chiens. Les arbres phylog\u00e9n\u00e9tiques que nous avons pu reconstituer nous ont permis de confirmer que l\u2019ensemble des chiens am\u00e9ricains de la p\u00e9riode pr\u00e9contact (c\u2019est-\u00e0-dire avant les colonisations europ\u00e9ennes de l\u2019Am\u00e9rique il y a cinq cents ans) ont un ADN mitochondrial se rapportant \u00e0 une seule lign\u00e9e, traduisant bien l\u2019arriv\u00e9e du chien en Am\u00e9rique<\/a> au cours d\u2019une seule vague de migration.<\/p>\n