Quando si parla di medicinali capaci di modificare il microbiota intestinale, il pensiero corre subito agli antibiotici. Una nuova ricerca mostra però che l’elenco potrebbe essere molto più lungo: antidepressivi, benzodiazepine, beta-bloccanti e farmaci contro l’acidità gastrica sembrano lasciare nei batteri intestinali un’impronta riconoscibile anche a distanza di anni dall’ultima assunzione.
Non significa che questi medicinali “distruggano” l’intestino né che debbano essere sospesi. Il risultato, piuttosto, cambia il modo in cui si studiano il microbiota e le sue relazioni con diabete, obesità, disturbi immunitari e malattie neurologiche.
La ricerca è stata condotta utilizzando i dati dell’Estonian Microbiome Cohort, collegati alle prescrizioni registrate nell’arco di circa dieci anni. Gli scienziati hanno analizzato campioni fecali di oltre 2.500 persone attraverso il sequenziamento metagenomico, ricostruendo contemporaneamente la storia farmacologica dei partecipanti.
È emerso che l’uso dei medicinali rappresenta una delle variabili capaci di spiegare le differenze tra il microbiota di una persona e quello di un’altra. L’associazione non riguardava solamente le terapie in corso: per alcuni farmaci, il segnale rimaneva visibile anche considerando prescrizioni molto precedenti alla raccolta del campione.
L’impronta non è necessariamente un danno
Il microbiota è formato da migliaia di miliardi di microrganismi che partecipano alla digestione, alla produzione di metaboliti, alla regolazione dell’immunità e alla trasformazione di numerose sostanze estranee. I farmaci possono modificarlo direttamente, rallentando o favorendo la crescita di alcune specie, oppure indirettamente, cambiando acidità, motilità intestinale, secrezioni biliari e disponibilità dei nutrienti.
Il fenomeno può inoltre essere bidirezionale. I batteri intestinali sono capaci di trasformare alcuni principi attivi, modificandone assorbimento, efficacia o tossicità. Un medicinale può quindi cambiare il microbiota, ma il microbiota può a sua volta influenzare la risposta al medicinale.
Non tutte le modificazioni, però, sono negative. Alcune potrebbero contribuire all’effetto terapeutico, altre rappresentare semplicemente una traccia biologica dell’esposizione. Il termine “disbiosi”, spesso utilizzato con troppa facilità, non indica automaticamente una malattia e non esiste un unico microbiota ideale valido per tutti.
Dagli antidepressivi ai gastroprotettori
Fra le classi associate a variazioni della comunità microbica figurano gli inibitori di pompa protonica, impiegati per ridurre l’acidità gastrica. Modificando la barriera acida dello stomaco, questi farmaci possono permettere a microrganismi normalmente presenti nella bocca di raggiungere più facilmente l’intestino.
Anche antidepressivi, benzodiazepine, beta-bloccanti e diversi medicinali metabolici sono risultati collegati a particolari firme microbiche. La metformina rappresenta uno degli esempi più studiati: parte dei suoi effetti gastrointestinali e metabolici potrebbe passare proprio attraverso l’ecosistema intestinale.
Una ricerca del 2026, condotta su un piccolo gruppo di pazienti con diabete, ha inoltre esplorato l’interazione tra microbiota, semaglutide ed empagliflozin. Il profilo batterico iniziale mostrava associazioni con la successiva risposta glicemica, ma i numeri sono ancora troppo ridotti per utilizzare il microbiota nella scelta della terapia.
Perché il risultato è importante
Gran parte degli studi collega determinate configurazioni del microbiota a una malattia senza riuscire a stabilire se siano causa, conseguenza o effetto delle cure. Una firma attribuita alla depressione, per esempio, potrebbe dipendere almeno in parte dagli antidepressivi; quella osservata nel diabete potrebbe essere influenzata dalla metformina.
La storia farmacologica dovrebbe dunque essere considerata sistematicamente negli studi sul microbiota. Trascurarla rischia di far attribuire alla malattia ciò che, almeno in parte, appartiene al trattamento.
Per i pazienti il messaggio non è sospendere i farmaci né assumere automaticamente probiotici. È utilizzare ogni medicinale quando realmente indicato, evitando terapie inutilmente prolungate e discutendo con il medico eventuali disturbi intestinali. Non disponiamo ancora di un test capace di stabilire quale probiotico “ripari” l’impronta di uno specifico farmaco.
Bibliografia essenziale
Aasmets O et al. A hidden confounder for microbiome studies: medications. 2025. PubMed
Aasmets O et al. Gut metagenome associations with extensive digital health data. Nature Communications, 2022.
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Klemets A et al. Fecal microbiome predicts treatment response after the initiation of semaglutide or empagliflozin uptake. Scientific Reports, 2026