Tāpat vairāki komisijas deputāti pauda viedokli, ka patlaban projekta īstenošanā starp ministrijām nav koordinācijas un arī likuma piedāvātajā versijā projekta pārvaldībā nav sadalītas kompetences, pilnvērtīgi iesaistot visas ministrijas, ne tikai Satiksmes ministriju (SM).
Tostarp komisijas vadītājs Kaspars Briškens (P) uzsvēra nepieciešamību likumā noteikt premjera atbildību par projekta kopējo vadību, Finanšu ministrijas (FM) atbildību par projekta finansējuma piesaisti, Ekonomikas ministrijas (EM) atbildību par projekta komercializāciju un tamlīdzīgi.
Briškens norādīja, ka likumā jāpanāk plašāka visu ministriju iesaiste, nevis jāuzliek visa atbildība SM. “Nevar būt tā, ka SM viss jāuzņemas pašai, bet pārējās ministrijas tikai piepalīdzēs. SM nav un nekad nebūs tik plašas kompetences šāda projekta realizācijai,” pauda Briškens.
Arī deputāts Andris Kulbergs (AS) uzsvēra, ka ar likumu jānosaka, ka FM pārņem “Rail Baltica” projekta finanšu vadību, nevis ir tikai “atbalsta sniedzējs” finansējuma piesaistē. Tāpat Kulberga ieskatā likumprojektā nav noteikta konkrēta Ārlietu ministrijas (ĀM) atbildība risināt starptautiskās koordinācijas jautājumus.