Hābermāsa galvenie darbi tika sarakstīti Frankfurtē pie Mainas, kur viņa karjera sākās 20. gadsimta piecdesmitajos gados Sociālo pētījumu institūtā Teodora V. Adorno vadībā. 1961. gadā viņš ieguva habilitāciju Marburgā ar savu darbu “Publiskās sfēras strukturālā transformācija”. 1964. gadā viņš nomainīja Maksu Horkheimeru Frankfurtes Universitātes Filozofijas un socioloģijas katedras vadītāja amatā. Viņa inaugurācijas lekcija vēlāk tika izdota kā grāmata “Zināšanas un cilvēka intereses” (1968).
Hābermāss kļuva par vienu no ietekmīgākajiem domātājiem Vācijas Federatīvajā Republikā, pateicoties savām teorijām par demokrātisku lēmumu pieņemšanu, “no dominances brīvu diskursu” un vienprātības sasniegšanu debatēs.
1971. gadā viņš pārcēlās uz Štarnbergu netālu no Minhenes, kur līdz 1981. gadam vadīja Maksa Planka institūtu zinātniski tehniskās pasaules dzīves apstākļu izpētei. 1981. gadā viņš publicēja savu galveno darbu “Komunikatīvās darbības teorija”.
1983. gadā Hābermāss atgriezās Frankfurtē, kur atkal ieņēma filozofijas profesora amatu līdz aiziešanai pensijā 1994. gadā. Vēlākajos gados viņš izteicās par politiskiem jautājumiem, piemēram, Kosovas karu, smadzeņu pētniecību vai reliģiskiem konfliktiem.
Hābermāss piedalījās daudzās nacionālās un starptautiskās filozofiskās un sociāli teorētiskās debatēs, paturot prātā gan kontinentālās Eiropas, gan angloamerikāņu analītisko filozofiju; viņa lasītāju skaits bija pārsteidzošs. Līdz sirmam vecumam viņš aktīvi darbojās arī žurnālistikā. Hābermāsa divos sējumos apkopotais mūsdienu Rietumu domāšanas intelektuālās vēstures darbs “Auch eine Geschichte der Philosophie” (Arī filozofijas vēsture) tika publicēts 2019. gadā.