Lai arī prokuratūra neapšaubīja Ministru prezidenta pilnvaras patstāvīgi lemt par nepieciešamību doties ārvalsts komandējumos, pirmstiesas kriminālprocesā izmeklētāji secinājuši, ka VK direktors kā iestādes vadītājs nenodrošināja, lai VK kā iestādē, kas saskaņā ar likumu ir atbildīga par Ministru prezidenta darbības materiālo, tehnisko un organizatorisko nodrošināšanu, tiktu ievēroti Publiskas personas finanšu līdzekļu un mantas izšķērdēšanas novēršanas likumā ietvertie principi un Ministru kabineta noteikumos paredzētie ierobežojumi ar komandējumu ceļa izdevumiem saistīto pakalpojumu apmaksai.
Prokuratūra ņēmusi vērā, ka speciālo līgumreisu apmaksai tika izmantoti valsts budžeta līdzekļi, kas saskaņā ar likumu par valsts budžetu 2022. gadam VK bija paredzēti drošiem Ministru prezidenta lidojumiem Covid-19 pandēmijas laikā, savukārt komandējumi tikai organizēti pēc ārkārtējās situācijas beigām.
Tādējādi prokuratūra secinājusi, ka VK direktors nepildīja viņam kā iestādes vadītājam saskaņā ar Valsts pārvaldes iekārtas likumu, Likumu par budžetu un finanšu vadību un citiem normatīvajiem aktiem uzliktos amata pienākumus kontrolēt valsts budžeta līdzekļu izlietošanas likumību un lietderību VK, kā arī neveica darbības un nedeva rīkojumus viņa pakļautībā esošajām amatpersonām, lai tiktu atcelti pretlikumīgi pasūtītie speciālie līgumreisi.
2024. gada marta beigās Ģenerālprokuratūra sāka un nodeva KNAB izmeklēšanai kriminālprocesu par iespējamu izšķērdēšanu lielā apmērā saistībā ar lidmašīnu līgumreisu izmantošanu bijušā premjera komandējumos. Vēlāk lietu pārņēma prokuratūra.
Savukārt Valsts kontrole savā revīzijā norādīja uz būtiski lielākiem nepamatotiem tēriņiem, nekā tos apsūdzībā norādījusi prokuratūra. Valsts kontroles revidentu skatījumā, nelikumīga un neekonomiska rīcība, organizējot Kariņa speciālos lidojumus, Latvijas un Eiropas Savienības Padomes budžetiem kopumā radījusi ap 545 000 eiro nepamatotus izdevumus.
Kā norādīja Valsts kontrole, revīzijas laikā iegūtā informācija liecina, ka lēmumu pieņemšanā un īstenošanā par speciālo lidojumu izmantošanu ārvalstu komandējumos faktiski bija iesaistīts gan tā brīža Ministru prezidents Kariņš, gan viņa tiešā pakļautībā esošais Ministru prezidenta birojs un Valsts kanceleja. Premjera biroju tolaik vadīja tagadējais Saeimas deputāts Jānis Patmalnieks (JV), bet Valsts kanceleju vadīja Citskovskis.
Sākotnēji saistībā ar Kariņa lidojumu skandālu no amata uz laiku tika atstādināts Citskovskis. Vēlāk Citskovskis darbu VK pameta.