Ifølge Sky News skjedde pågripelsen under en demonstrasjon til støtte for palestinere som sultestreiker.
Thunberg (22) skal ha holdt opp en plakat med en støtteerklæring til den britiske gruppa Palestine Action, som britiske myndigheter anser som en terrorgruppe.
Politiet i London sier Thunberg har kausjon fram til mars.
Les også: Greta Thunberg arrestert i London
Thunberg ble kjent etter at hun gjennomførte ukentlige klimaprotester i Sverige i 2018.
I fjor ble hun frikjent for brudd på offentlig orden i Storbritannia da en dommer slo fast at politiet ikke hadde myndighet til å pågripe henne og andre under en demonstrasjon i London året før.
Hun ble pågrepet sammen med 478 andre personer og utvist av Israel i oktober etter å ha sluttet seg til en aktivistkonvoi av fartøyer, Global Sumud Flotilla, som forsøkte å nå Gaza med nødhjelp. Israel har konsekvent avvist anklager om folkemord.
Les også: Thunberg tiltalt i Finland