Uttalelsen tolkes som et klarsignal til landets sikkerhetsstyrker om å bruke mer makt for å slå ned protestene.
Det er første gang den 86 år gamle ayatollaen uttaler seg om demonstrasjonene, som i stor grad har handlet om iraneres svært vanskelige økonomiske situasjon.
Iranske eksilgrupper har meldt om protester på over 100 steder i landet.
Les også: Iran fordømmer Trumps trussel: – Hensynsløst og farlig
Khameneis uttalelse ble gitt til en tilhørerskare i Teheran og sendt på iransk TV lørdag. Her gjør han et forsøk på å skille legitime demonstranter fra det han kaller oppviglere.
– Vi snakker til demonstranter, myndighetene må snakke med dem. Men det tjener ikke noen å snakke med oppviglere. Oppviglere må settes på plass, sa han.
KNALLHARD: Irans øverste leder, Ayatolla Ali Khamenei, varsler at demonstranter «må settes på plass.»
Foto: AP
Han gjentok også en påstand om at det er utenlandske krefter, som Israel eller USA, som nører oppunder protester mot islam og det iranske regimet.
Natt til lørdag mistet ytterligere to personer livet. I byen Qom ble en mann drept av en granat, som han ifølge myndighetene bar på selv.
Det andre dødsfallet skjedde i byen Harsin sørvest for Teheran. En mann som oppgis å ha vært medlem av den halvmilitære Basilj-militsen, ble knivstukket og skutt, ifølge det statsstøttede nyhetsbyrået Mehr.
Les også: Iran anslås å ha doblet antallet henrettelser i 2025
Det antas at det iranske regimet er splittet når det gjelder hvordan myndighetene skal hanskes med demonstrantene. Mens noen ønsker et mer aggressivt svar, har andre, som president Masoud Pezeshkian, forsøkt å få i stand samtaler for å komme demonstrantene i møte.
(©NTB)