Etter at hun vendte tilbake til Norge laget hun flere bemerkede kortfilmer før hun laget sin første langfilm «Voldtekt» i 1971.
Breien fikk Æres-Amanda i 2005. Samme år fikk hun også en spesiell heder fra Norsk filminstitutt som gjorde spesielt krus på hennes produksjon av kortfilmer.
– Anja Breien er en av våre mest kjente internasjonale regissør. Få er klar over at hun hele tiden, ved siden av spillefilmene sine, også har laget kortfilmer., uttalte daværende direktør Vigdis Lian ved filminstituttet.
Breien regnes som en av sin generasjons fremste filmskapere, ikke minst med «Hustruer» (1975), som fikk to oppfølgere, «Arven» (1979) og «Forfølgelsen» (1981). Hun står også bak kortfilmer som «Fra tyggegummiens historie» (2012), ifølge Nordic Women in Film.
«Arven» var siste norske spillefilm med i hovedprogrammet under filmfestivalen i Cannes i 1979 fram til Joachim Trier deltok med «Louder Than Bombs» i 2015.