Marta zajmuje się modelowaniem molekularnym i obliczeniami komputerowymi, które mogą wykorzystać naukowcy pracujący w laboratoriach przy syntezie nowych związków terapeutycznych. Doktorantka wraz z zespołem stworzyła również aplikację wspierającą zdrowie psychiczne, jest też trenerką Eskadry Bielika, polskiego dużego modelu językowego. Przedstawiamy kolejną badaczkę w ramach naszego cyklu artykułów „Młodzi Naukowcy z Trójmiasta”.
Marta Pągielska jest na pierwszym roku szkoły doktorskiej Uniwersytetu Gdańskiego, a swoje badania realizuje na Wydziale Chemii UG w Pracowni Modelowania Molekularnego, choć jej droga naukowa nie była wcale taka oczywista.
– Pochodzę z Lęborka. Już jako nastolatka chciałam zajmować się biotechnologią i pracować w komercyjnym laboratorium, najlepiej przy produkcji i syntezie leków. Przez kolejne lata byłam przekonana, że właśnie to chcę robić – wspomina
Młodzi naukowcy z Trójmiasta. „Zawsze lubiłem majsterkować, to pasja z dzieciństwa”
Trudna decyzja
Sytuacja zmieniła się na trzecim roku inżynierskich studiów biotechnologicznych na Politechnice Gdańskiej. Doktorantka zaczęła się wahać, czy swoją przyszłość chce wiązać z pracą laboratoryjną. Ostatecznie podjęła decyzję o rezygnacji ze studiów.
– To była trudna decyzja, ale z perspektywy czasu wiem, że był to też bardzo ważny krok i że te lata wcale nie były zmarnowane. Uważam, że jeśli ktoś się nad czymś zastanawia, to nigdy nie jest za późno na zmianę, a w życiu nic nie jest stracone. Po prostu męczyłam się i dziś wiem, że nigdy nie chciałabym pracować w laboratorium „na mokro” – argumentuje doktorantka.
Młodzi naukowcy z Trójmiasta. Aleksander Kazak: „Gdybym miał pojechać na Białoruś, to bym nie wrócił”
Nowe otwarcie
W trakcie studiów Marta zainteresowała się bioinformatyką i wszystko postawiła właśnie na tę kartę.
– To były świetne studia i bardzo dobry wybór. Kierunek jest interdyscyplinarny, prowadzony na kilku wydziałach, ale bazowo związany z Wydziałem Matematyki, Fizyki i Informatyki. Nauczyłam się tam programowania i uczenia maszynowego, które stały się moją drugą pasją – dodaje Marta Pągielska.
Na licencjacie w ramach tzw. zajęć w pracowniach rotacyjnych Marta wybrała fakultet realizowany w Pracowni Modelowania Molekularnego.
– W ten sposób trafiłam do Pracowni Modelowania Molekularnego. Bardzo spodobała mi się zarówno sama tematyka badań, jak i sposób pracy. Dostałam własny projekt, a prof. Samsonov zauważył u mnie potencjał. Zostałam też stypendystką w grancie NCN. Jeszcze przed rozpoczęciem doktoratu prowadziłam badania naukowe i byłam częścią zespołu badawczego – wspomina.
Młodzi naukowcy z Trójmiasta. Bada choroby rzadkie, została jedną ze 100 najzdolniejszych
„Przeprowadziłam kilka tysięcy symulacji”
Marta zajmuje się modelowaniem molekularnym i obliczeniami komputerowymi in silico – symulacje pozwalają oszczędzić czas i pieniądze naukowcom, którzy potem przygotowują eksperymenty laboratoryjne, np. przy syntezie nowych związków o potencjale terapeutycznym.
– Pracuję z glikozaminoglikanami – cukrami, do których należy m.in. heparyna i kwas hialuronowy. Związki te odgrywają ważną rolę także w kontekście mechanizmów neurodegeneracyjnych. Są budulcem tkanek, w tym stawów, odpowiadają za gojenie ran. Od trzech lat tworzę bazę danych oddziaływań glikozaminoklikanów z katepsynami. Do tej pory przeprowadziłam kilka tys. symulacji, a praca zostanie opublikowana jeszcze w br. Potem każdy naukowiec będzie mógł przy tym pracować – dodaje Marta Pągielska.
Mowa o zaawansowanych symulacjach HPC (High Performance Computing) wykonywanych na superkomputerach. Jedna symulacja pojedynczego układu może trwać od kilkunastu do kilkudziesięciu godzin, nawet przy równoległym wykorzystaniu kilku kart graficznych.
Młodzi naukowcy z Trójmiasta. Michał Hinca w wieku 12 lat złożył swój pierwszy komputer
„Jestem zafascynowana światem nauki”
Marta obecnie współpracuje również z naukowcami w Uniwersytecie na Tours w temacie interakcji katepsyny K z szeregiem związków, które mogą hamować jej aktywność. Współpraca obejmuje również inny projekt dotyczący elastazy i sprawdzania potencjału inhibicji wybranych związków.
Doktorantka swoje wyniki miała okazję prezentować podczas konferencji, m.in. w Grecji, Francji i Niemczech. Naukowczyni była również przewodniczącą koła naukowego sztucznej inteligencji DeepDive na Wydziale Matematyki, Fizyki i Informatyki, w ramach którego powstała aplikacja wspierająca zdrowie psychiczne.
– Jestem zafascynowana światem nauki. Bardzo podoba mi się również prowadzenie zajęć dydaktycznych. Czuję, że właśnie w tym się spełniam – powiem szczerze – przyjeżdżam tu z radością, bo wiem, że robię coś użytecznego i coś, co naprawdę daje mi satysfakcję – podkreśla.
Poza pracą naukową Marta Pągielska jest również trenerką Eskadry Bielika, polskiego dużego modelu językowego.
Młody Naukowiec. Raz w miesiącu będziemy prezentować laureatów olimpiad i konkursów oraz młodych naukowców, którzy rozpoczynają swoją karierę akademicką. Zachęcamy również do kontaktu e-mailowego: p.kallalas@trojmiasto.pl z dopiskiem Młody Naukowiec.