Koszt jednej godziny w powietrzu wynosi od 130 do 170 tysięcy złotych – prawie dwa razy więcej niż w przypadku naszego F-16, który kosztuje około 77 tysięcy złotych za godzinę lotu.
Dlaczego jest tak drogo? Ogromny wpływ na tak wysokie koszty operacyjne ma specyfika konstrukcji samolotu, a w szczególności konieczność utrzymania w pełnej sprawności powłok RAM, czyli materiałów pochłaniających fale radiowe. Te specjalne powłoki wymagają rygorystycznych procedur serwisowych w hangarach o kontrolowanym mikroklimacie. Na koszt wpływa też bardzo wysokie zużycie paliwa. Potężny silnik F135 spala średnio około 5600 litrów nafty lotniczej na godzinę lotu. Przy cenie paliwa dla sił zbrojnych rzędu 3,50 zł do 4,50 zł za litr, samo paliwo kosztuje nawet 25 tysięcy złotych za każdą godzinę w powietrzu.
Do tego dochodzą drogie części zamienne, zaawansowana awionika i oprogramowanie wymagające ciągłych aktualizacji oraz wysoko wykwalifikowany personel. Jako nowy użytkownik z małą flotą, Polska ponosi też dodatkowo wyższe koszty wsparcia logistycznego ze strony USA. W zamian dostajemy jednak maszynę piątej generacji z ogromną przewagą w nowoczesnym polu walki.