Larmet, som Aftonbladet var först att rapportera om, kom in på söndagskvällen.
– Vi får ett larm innan midnatt gällande att en flicka under 18 år utsatts för en våldtäkt utomhus, säger polisens presstalesperson Nils Norling.
Det ska ha skett utomhus i centrala Malmö.
– Vi har anträffat en förmodad brottsplats, S:t Petri kyrka, som vi har spärrat av för en teknisk undersökning, säger Nils Norling.
Händelsen utreds som grov våldtäkt och under måndagsmorgonen var ingen ännu gripen.
Artikeln uppdateras.