Alla prover innehöll minst en sjukdomsalstrande organism.
De vanligaste var Blastocystis, en encellig tarmparasit, och E. coli, en bakterie som aldrig tidigare har hittats i förhistorisk avföring.
Forskarna fann också bakterien Shigella och parasiten Giardia i proverna.
Gemensamt för dessa organismer är att de orsakar allvarliga magproblem.
Forskarna tror att smittspridningen berodde på dåliga sanitära förhållanden och att människor bodde trångt.
För 1 100 år sedan började mayaimperiet plötsligt att falla sönder. Nu kämpar arkeologer för att hitta orsaken till kollapsen av detta högt utvecklade mayasamhälle.