Händelsen ses som en kraftig upptrappning i spänningarna mellan Saudiarabien och Förenade arabemiraten. Enligt den statliga saudiska nyhetsbyrån SPA rör det sig om en ”begränsad militär insats” för att oskadliggöra materiel som lossats från två fartyg.
Efter attacken har det jemenitiska presidentrådet utlyst undantagstillstånd i 90 dagar. Dessutom stängs gränspassager och inresor med flyg och via hamnar i vissa områden i tre dygn.
Samtidigt upphävdes ett försvarsavtal med Förenade arabemiraten.
Den jemenitiska regeringen, som erkänns av det internationella samfundet som landets legitima styre, håller Saudiarabien som sin huvudsakliga allierade.
Inbördeskriget har rasat i Jemen i mer än ett årtionde.
Förenade arabemiraten har än så länge inte kommenterat händelsen.