Planet observerades på José Martí-flygplatsen under torsdagen och flera personer sågs gå ombord, enligt ett vittne till Reuters. Samtidigt uppger den kubanska regering att CIA-chefen John Ratcliffe träffade Kubas inrikesminister tidigare under dagen.
Relationen mellan länderna har varit spänd en längre tid. USA har skärpt sanktionerna och infört en bränsleblockad som förvärrat Kubas energikris och lett till omfattande strömavbrott.
Under onsdagen bröt stora protester ut i Havanna efter att vissa områden varit utan el i över ett dygn.