Matchen slutade i kaos efter tio minuters tilläggstid. Hammarby ville ha en straff och spelarna började gruffa och putta varandra. Paulos Abraham ramlade i straffområdet men fick ingen straff utan en varning.
Minuten innan hade Mjällbys Viktor Gustafson blivit utvisad efter att ha dragit Nikola Vasic i håret.
Mjällby firade med ordningsvakter på planen och den busvisslande majoriteten Hammarby-fansen som kuliss.
– Allt hände där, det var kaos, och jag förstod inte ens att matchen hade blåsts av, säger Pettersson.
– Det är inte bara vi som kommer att minnas det här resten av livet, utan det gäller alla som krigat på och hållit på Mjällby i alla år i upp- och nedgångar, säger Pettersson.
Matchen en halvtimme försenad
Förra året tog Mjällby föreningens första SM-guld och nu fyllde man på prisskåpet med en cupbuckla.
– Vi trodde inte att det skulle vara möjligt att komma tillbaka så snabbt och skaka av oss SM-guldet och ta en titel till. Det känns helt otroligt, säger sportchefen Hasse Larsson.
Efter att matchen dragit igång en halvtimme sent på grund av pendeltågsstrul öppnade Mjälllby med ett supermål.
Den finländske landslagsspelaren Tony Miettinen drog iväg en 50-meterspassning som nyblivne VM-spelaren Elliot Stroud elegant tog ner i en rörelse och satte 1–0.
Snabb replik av Hammarby
Mindre än fyra minuter senare kvitterade Hammarby till 1–1. Paulos Abraham tog emot Hampus Skoglunds instick och vände in och satte bollen säkert i mål.
Mjällby gick till pausledning efter att Jacob Bergström sprungit i djupet och förvaltat Jeppe Kjaers öppnande passning för 2–1. Han gled ut mot fansen på knä i sitt firande.
– Vi ville bara göra våra fans stolta en gång till, att få ge tillbaks till dem för allt de gör för oss, säger Tom Pettersson som spelade med smärtstillande.
Se målet som avgjorde finalen: