Bussar med de palestinska fångar som också ska släppas under dagen har börjat rulla, rapporterar Reuters.
Bland fångarna finns 250 personer som dömts till livstid för terrorbrott och omkring 1 700 personer som frihetsberövats under kriget och hållits utan åtal.
Dessa 1 700 kommer att släppas till Gaza, medan de flesta av de livstidsdömda kommer transporteras till Västbanken. Sju kommer eskorteras till Jerusalem och sju ska deporteras, skriver Times of Israel.
Nyhetssajten skriver även att familjer till dem som ska släppas i Jerusalem uppges ha blivit tillsagda att inte fira återföreningen med anhöriga.
Vid 11.30 svensk tid var de första bussarna framme i Gaza.