Extremistgruppen Islamiska jihad meddelade på måndagen att de funnit kvarlevor av en gisslantagen, men överlämnandet formaliserades först på tisdagseftermiddagen.
Tålamodet hos Israel började tryta då de sista kvarlevorna inte överlämnats av islamistiska grupper i Gaza enligt uppgörelsen om vapenvila.
Israels premiärminister bekräftade genom sitt kansli att kvarlevor överlämnats – enligt tidigare standard till Röda korset – som i sin tur förde kistan med kvarlevor till Israel.
Kvarlevorna ska nu obduceras och identifieras.
Kvarlevor av två som togs som gisslan i terrorstämplade Hamas och andra gruppers attacker mot Israel den 7 oktober 2023 tros vara kvar i Gaza.
Premiärminister Benjamin Netanyahu hade tidigare under dagen låtit meddela att Israel ser allvarligt på att överlämnande av kvarlevor dröjer, och att det utgör ”ett brott mot avtalet (om vapenvila)”.
När vapenvilan i Gazakriget trädde i kraft den 10 oktober höll de väpnade palestinska grupperna 20 levande gisslan samt kvarlevorna av 28 som dött. Som del av den USA-mäklade överenskommelsen har den ledande gruppen Hamas frigivit de 20 personer som lever och kvarlevorna av över 20 av de döda.
I utbyte har Israel släppt nästan 2 000 palestinska fångar som hållits i Israel, samt kvarlevor av flera hundra palestinier.
Utväxlingen av gisslantagna och fångar är en del av den första fasen av vapenvilan. Medlare i konflikten meddelade efter överlämnandet att man samlats i Egyptens huvudstad Kairo för att diskutera den andra fasen i uppgörelsen om vapenvila.