Flygattackerna ska ha ägt rum i nordvästra delarna av det afrikanska landet.
”Jag har varnat dessa terrorister att om de inte slutade slakta kristna, skulle de få betala dyrt. Det har de fått göra i kväll”, skriver Trump på Truth Social. .
Nigerias utrikesminister Yusuf Maitama Tuggar säger till brittiska BBC att det var en ”gemensam operation” riktad mot ”terrorister” och att den ”inte har något att göra med en viss religion”.
Utan att namnge IS specifikt sa Tuggar att operationen hade planerats ”under en längre tid” och hade använt underrättelseinformation från den nigerianska sidan.
Ministern uteslöt inte ytterligare attacker och tillade att detta berodde på ”beslut som ska fattas av de två ländernas ledning”.
Trump har tidigare riktat kritik mot Nigeria och påstått att kristna i landet utsätts för hot och angrepp som närmast liknar ”folkmord”. I samband med anklagelserna varnade Trump att militära åtgärder kunde komma att sättas in mot Nigeria.
Nigerias regering nekar till anklagelserna och oberoende mänskliga rättighetsorganisationer har ifrågasatt påståendena. Kristna högergrupper i USA och Europa har däremot ställt sig bakom anklagelserna.
Torsdagens attacker utgör ett viktigt stöd för den nigerianska armén som bekämpar flera konflikter samtidigt i olika regioner i landet, som är Afrikas folkrikaste. Åtminstone två av de beväpnade miliserna i Nigeria har rötter i terrorgruppen IS.
I landets fattiga gränsområden är centralmaktens inflytande ofta svagt vilket gjort att väpnade miliser kunnat få fäste och frodas. Attacker från islamistiska terrorister, som drabbar både kristna och muslimer, är återkommande.