Olyckan inträffade på sträckan mellan huvudstaden Bratislava och staden Pezinok.
Inrikesminister Matus Sutaj Estok säger i en tv-sändning att dussintals skadades lindrigt och elva har förts till sjukhus. Inga dödsfall inträffade i olyckan, tillägger han.
”Enligt initiala uppgifter inträffade ingen frontalkrock mellan tåg, och inte heller någon urspårning av tåget”, uppger polisen på Facebook.
Andra olyckan inom en månad
Nyhetssajten Aktuality.sk citerar en passagerare som beskriver kraschen som ett hög ”smäll”.
Olyckan var den andra i Slovakien den senaste månaden. Två tåg kolliderade i östra Slovakien den 13 oktober och skadade 91 personer.