Da cerkve po vsem svetu še vedno krasijo mozaiki nekdanjega jezuita Marka Rupnika, je za Rupnikove žrtve znamenje nespoštovanja in nepripravljenosti Vatikana, da obračuna s cerkvenimi zlorabami v svojih vrstah. Avtorja in protagonistke dokumentarca Nune proti Vatikanu skozi zgodbo Rupnikovih žrtev predstavljajo sistem, ki omogoča zlorabe in ščiti vplivne storilce, za žrtve pa se ne zmeni. Storilec jih ne zanima, želijo si le resnico in pravico in verjamejo, da s svojim prizadevanjem Cerkvi bolj koristijo, kot škodijo.
Pater Marko Ivan Rupnik je svetovno znani izdelovalec mozaikov, ki je leta 2000 za svoje delo prejel Prešernovo nagrado. Po svetu pa ni znan le po vrhunskih umetninah, temveč tudi po odmevnih obtožbah, da je od začetka 90. let izvajal spolno in psihično nasilje nad najmanj dvajsetimi redovnicami jezuitske skupnosti Loyola.