Le microbiote, aussi appelé flore intestinale, désigne un ensemble de micro-organismes (bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes) localisé principalement dans l’intestin grêle et le côlon. Bien que la flore intestinale et le cerveau soient anatomiquement éloignés l’un de l’autre, cela ne les empêche pas de communiquer entre eux. En effet, l’intestin transmet des informations au cerveau et vice versa, via le nerf vague et le sang. On parle de communication bi-directionnelle.
Ce qui intrigue de plus en plus les chercheurs est le rôle joué par le microbiote dans le fonctionnement cérébral. Il est d’ailleurs étudié dans de nombreuses recherches qui visent à mieux comprendre les pathologies neurologiques ou psychiatriques telles que la dépression, Alzheimer, Parkinson ou encore l’autisme.
L’intestin transmet des informations au cerveau et vice versa, via le nerf vague et le sang. © Katie Chizhevskaya, Adobe Stock
L’intestin régule l’inflammation du cerveau
Une étude publiée dans la revue Nature en 2021 a mis en évidence une action anti-inflammatoire sur le cerveau, commandée par les bactéries résidant dans l’intestin. Des chercheurs du Brigham and Women’s Hospital à Harvard Medical School (Boston, USA) ont constaté que des cellules cérébrales, appelées astrocytes, sont capables de limiter l’inflammation dans le cerveau en tuant les cellules lymphocytes T. Ces lymphocytes T participent à la réponse immunitaire et favorisent l’inflammation. Il s’avère que ce rôle anti-inflammatoire joué par les astrocytes n’est possible que par l’activation d’une molécule se trouvant dans les méninges : l’interféron-gamma. Or, c’est le microbiote intestinal qui induit l’expression de cette molécule.
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Cette découverte d’un lien entre intestin et régulation de l’inflammation du cerveau pourrait être utile au développement de traitements de nombreuses pathologies du cerveau, notamment les maladies neuro-inflammatoires comme la sclérose en plaques.
Quels liens entre microbiote et maladies psychiatriques ?
Si le microbiote peut réduire l’inflammation cérébrale, il peut aussi la favoriser. Des travaux menés par des chercheurs britanniques et publiés dans la revue JAMA Psychiatry suggèrent que la dépression, la schizophrénie, l’anxiété et le trouble bipolaire seraient associés à des perturbations du microbiote intestinal similaires. Plus précisément, ces troubles psychiatriques auraient tendance à se développer quand certaines bactéries pro-inflammatoires sont présentes en grande quantité dans la flore intestinale.
Les chercheurs qui ont travaillé sur l’influence de la composition du microbiote sur le risque psychiatrique n’ont pas encore identifié les biomarqueurs bactériens correspondant à chaque maladie. Néanmoins, ce lien montre qu’il est essentiel de tenir compte de la santé intestinale dans les futures recherches sur les troubles mentaux et leurs traitements.
La dépression pourrait être favorisée par la présence en grande quantité de bactéries pro-inflammatoires dans la flore intestinale. © SB Arts Media, Adobe Stock
Microbiote altéré et neurodégénérescence
De plus en plus d’études suggèrent que le microbiote intestinal pourrait participer à l’apparition ou à la progression de maladies neurodégénératives comme la maladie d’Alzheimer et la maladie de Parkinson. Il pourrait être un facteur de risque ou un modulateur de la maladie. Les données scientifiques actuellement disponibles indiquent que la flore intestinale pourrait favoriser le développement de ces deux maladies par plusieurs mécanismes :
un déséquilibre dans la composition microbienne (augmentation des bactéries pro-inflammatoires et diminution des bactéries protectrices) ;une inflammation chronique (provoquée par la dysbiose intestinale) ;la production, par des bactéries intestinales, de protéines qui favorisent l’agrégation de protéines cérébrales (amyloïde-β et tau dans la maladie d’Alzheimer et α-synucléine dans la maladie de Parkinson).
Des chercheurs suggèrent même que la maladie de Parkinson et la maladie d’Alzheimer pourraient naître dans l’intestin. Une étude publiée en 2025 dans la revue Science Advances avait révélé que les personnes souffrant de troubles digestifs chroniques avaient un risque plus élevé de développer Alzheimer ou Parkinson.
Des décisions plus justes avec un microbiote sain ?
Des travaux récents menés par des chercheurs de l’Institut du Cerveau ont montré que des changements dans le microbiote intestinal peuvent influencer notre sensibilité à l’injustice, et la façon dont nous traitons les autres. Les personnes qui présentent un déséquilibre important entre deux bactéries qui dominent la flore intestinale (les firmicutes et les bactéroïdètes) sont plus susceptibles de prendre des mauvaises décisions que celles qui ont un microbiote équilibré.
Pour arriver à ce constat, les chercheurs ont supplémenté les personnes qui avaient tendance à prendre de mauvaises décisions avec des probiotiques (bactéries bénéfiques). Non seulement, la composition de leur microbiote a changé mais cela a aussi eu un impact sur leur comportement : elles ont montré une plus grande sensibilité à l’injustice lors des tests effectués pour l’étude.
Régulation du stress et de l’humeur, développement du cerveau durant l’enfance, modulation de la mémoire… Le microbiote exerce bien d’autres rôles sur le fonctionnement du cerveau. Les milliards de bactéries qui peuplent notre intestin n’ont pas fini de dévoiler tous leurs secrets !
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Microbiote et digestion : quel est le rôle de la flore intestinale ?
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